Представители других языковых семей также мигрировали с севера на юг, преимущественно через саванны Восточной Африки. Эти миграции происходили с глубокой древности и продолжались в историческое время. Так к югу от экватора появились области, заселённые носителями кушитских и нилотских языков, происходящих из регионов современной Сахары и Сахеля.

Государственность в Африке берёт своё начало с середины IV тысячелетия до н. э., когда в долине Нила появляются первые протогосударства древних египтян. Этнический и языковой состав их населения, по всей вероятности, был пёстрым, включая группы негроидного, эфиопского и средиземноморского антропологических типов. На основании анализа многочисленных останков древних египтян общепризнано, что около трети населения Египта было негроидным, столько же относилось к средиземноморскому типу, остальные были метисами. Вероятно также, что древнеегипетская элита – носители доминирующего языка – обладала более «северными» средиземноморскими чертами, чем основная масса населения и особенно жители южных районов страны [Froment 1994]. В результате объединения Египта к 3000 г. до н. э. в единое государство в стране возник первый в Африке и в мире государственный язык, оформленный созданной в тот же период иероглифической письменностью. Единый египетский этнос, сформированный из множества этнических групп древней Северо-Восточной Африки, говорил и писал на древнеегипетском языке, относимом ныне к афразийской макросемье языков. Однако уже к тому времени этот язык существенно отличался от родственных ему берберских языков Северной Африки: известно, что ливийские гвардейцы, служившие охраной фараонов, говорили на языке, непонятном египтянам. Древнеегипетский язык стал одним из первых письменных языков человечества и в течение около 3 тысяч лет оставался официальным языком Древнеегипетского государства.

В государстве Куш (или Мероэ, как называют позднюю стадию его развития), существовавшем на Верхнем Ниле с X по IV в. до н. э., также существовал единый официальный язык. Для него была создана алфавитная письменность на основе египетской иероглифики, однако недостаток материала до сих пор не позволяет сделать однозначных выводов о генетической принадлежности вымершего ныне мероитского языка. Скорее всего, он не был родственен древнеегипетскому и принадлежал к одной из языковых семей Тропической Африки.

Аксум – третья крупная империя Северо-Восточной Африки – был основан носителями семитских языков, переселившихся на территорию современных Эфиопии и Эритреи с Аравийского полуострова. Расцвет Аксума относится к первым шести векам н. э., именно в эти столетия здесь были созданы многочисленные эпиграфические памятники на языке геэз, входящем в состав эфиосемитских языков. Ставший официальным языком государства, геэз исчез из разговорной речи вскоре после упадка Аксума в IX в., но сохранился как язык эфиопской христианской церкви.

Ещё один семитский язык – финикийский – стал государственным языком Карфагена, города-государства Северной Африки, создавшего в VIII–III вв. до н. э. обширную сеть колоний в Восточном Средиземноморье. Однако после разрушения Карфагена римскими войсками в 146 г. до н. э. финикийский язык в Северной Африке быстро выходит из обращения. Его носители осваивают латынь или переходят на языки местных жителей, относившиеся к берберской группе. На берберских языках говорили жители нескольких протогосударств, существовавших в регионе на рубеже старой и новой эры, в т. ч. Нумидийского царства (III–I вв. до н. э.), впоследствии также завоёванного Римом.