Эта и другие работы середины XX в. продемонстрировали также, что хамитские языки не составляют единой группы vis-à-vis семитские языки. В 1950-е гг. Дж. Гринберг предложил классификацию афразийской макросемьи, принятую по сей день, – с делением на шесть семей единого таксономического уровня. Обоснование выделения омотских языков в особую ветвь макросемьи принадлежит Г. Флемингу. Название «семито-хамитские» после работ Гринберга стало устаревшим и было заменено термином «афроазиатские» или «афразийские»; последнее принято в российской научной литературе.
Советская востоковедческая школа внесла важнейший вклад в изучение афразийских языков. В 1965 г. советским лингвистом И. М. Дьяконовым была опубликована первая сравнительно-историческая грамматика афразийских языков [1965]. Тогда же над афразийским материалом работали виднейшие советские компаративисты В. М. Иллич-Свитыч и А. Б. Долгопольский. Ностратическая гипотеза, выдвинутая в начале XX в. Х. Педерсеном и обоснованная в 1960-х гг. советской школой компаративистики, включала афразийские языки в состав ностратической языковой общности. Позже возобладала точка зрения о примерно одинаковом таксономическом уровне двух праязыков, однако гипотеза о родстве афразийских языков с другими семьями языков Евразии по-прежнему остаётся привлекательной.
В 1980-х и 1990-х гг. командой российских учёных под руководством И. М. Дьяконова была начата публикация материалов сравнительно-исторического исследования афразийских языков. В 1995 г. одновременно вышли в свет две реконструкции афразийского праязыкового состояния: монография К. Эрета [Ehret 1995] и словарь В. Э. Орла и О. В. Столбовой [Orel, Stolbova 1995]. Обе реконструкции подверглись довольно жёсткой критике за неточности и вольные семантические толкования. Однако это говорит не столько о слабости самих работ, сколько о несовершенстве современных методов сравнительного анализа, не позволяющих получить надёжные результаты праязыковой реконструкции глубиной свыше 7–8 тыс. лет. Несмотря на критическое отношение многих современных лингвистов к дальнему родству языков, наличие афразийской макросемьи в науке не оспаривается, а её состав остаётся в целом неизменным.
На фоне консенсуса по вопросу самой афразийской гипотезы в мировом языкознании не прекращаются споры о группировке семей в составе макросемьи и порядке их отделения от праязыковой общности. Согласно глоттохронологическому анализу А. Ю. Милитарёва [Militarev 2005], макросемья распалась на две ветви: северную – в составе чадских, берберских, семитских и древнеегипетского