Пользуясь войной Византии с турками, он объявил независимость Киликии. Вскоре новый император Мануил Комнен заключил с Торосом мир. В этот период ряд мелких мусульманских владений объединились под властью султана Нуреддина, захватившего город Эдессу в 1144 г. Это новое государство стало серьезной угрозой Киликии. Торос не замедлил принять участие в походе против Нуреддина в союзе с крестоносцами. Вернувшись из похода, Торос обнаружил, что греки, нарушив договор, опять захватили киликийские города. Он немедленно вернул их, разбив армию императора, а затем, снарядив корабли, сам напал на остров Кипр. Война с Византией продолжалась до конца царствования Тороса, то затухая, то возобновляясь с новой силой.

После смерти Тороса II трон занял его брат Мелек (1169–1174). Он вел удачные войны с греками, но за жестокость был убит собственными войсками в городе Сисе. После него киликийский престол перешел к Рубену II (1174–1177), сыну младшего брата, а затем к его брату Леону II (1177–1212). Новый царь прежде всего занялся внутренними делами страны: строительством городов, дорог, развитием торговли, ремесел, наук. Одновременно он был и прекрасным воином. Силой оружия он вернул Исаврию, захваченную турками. Он принял активное участие Третьем крестовом походе (1189–1193 гг.).

Заключив договор с прибывшим в Малую Азию Фридрихом Барбароссой, он готов был присоединиться к крестоносцам, но внезапная смерть германского императора при переправе через реку Кидн изменили планы Леона. Прибывший же вскоре английский король Ричард Львиное Сердце нашел в Леоне готового союзника.

Такая близость с крестоносцами не могла ни привлечь внимание католической церкви. Папа римский, понимая трудное положение Киликии, вынужденной постоянно сражаться, стал предлагать свое покровительство в обмен на слияния армянской церкви с католической. Леон остался глух к этим предложениям. В это время пограничные споры с захваченной крестоносцами соседней Антиохией закончились миром и брачным союзом дочери Леона Алисии с Раймондом – сыном правителя Антиохии Боэмунда Тарентского. Но после смерти Раймонда, а затем Боэмунда разгорелись династические споры между Рубеном, сыном Алисии, и Рубеном Одноглазым, младшим сыном Боэмунда. В союзе с рыцарями Ордена Тамплиеров Рубен Одноглазый объявил войну Леону, поддержавшего права своего внука. Папа римский, поддержав противника Леона, отлучил киликийского царя от церкви. Но ничто не помогло. Леон быстро направился в Антиохию и отстоял права внука.

Рубен Одноглазый, заручившись новым союзом иконийского султана, двинулся вслед Леону. Леон быстро отбросил союзников от своих границ и окончательно утвердил права своего внука в Антиохии в 1211 г. После смерти Леона II в 1212 г. престол перешел к его несовершеннолетней дочери Изабелле. Муж Изабеллы Хетум I (1226 г.) стал правителем Киликии.

В это время в Малой Азии появилась новая сила. Монголы, стремительной лавиной спустившись по течению Куры, вытеснили турок из Великой Армении, заняли часть Сирии, Месопотамии, Кападокии и стали соседями Киликии. Хетум поспешил поднести хану Бату дары и заключил с ним договор о мире и дружбе.

Так, Киликия, защищенная новым союзом от турок и греков, могла спокойно заниматься своими внутренними делами. Между тем престол монгольского государства Хулагидов вступил внук Чингиз-хана Менгу-хан (Великий хан). Теперь Хетум сам отправился в Орду для поздравления и подношения даров. Менгу-хан подтвердил союз монголов с Киликией.

Как союзник монголов, Хетум участвовал в походе Менгу-хана против сарацин (египетских арабов, потомков Сарры). Вернувшись из похода, Хетум обнаружил, что иконийский султан Эддин захватил несколько киликийских городов. С помощью монголов царь Киликии не только вернул эти города, но и приобрел новые, а также, разбив алепского султана Мелек-Назара, присоединил к Киликии его столицу город Алеппо и часть его земель.