После этого русские власти решили соблюсти все формальности. 17 января решение царя Фёдора Ивановича поддержала Боярская дума вместе с Освященным собором. 23 января была проведена процедура выбора царём патриарха их трёх предложенных кандидатов на этот пост, затем в тот же день в царских палатах состоялось наречение Иова в патриархи, а Иеремия и нареченный патриарх Иов отслужили краткий молебен в Успенском соборе. Кстати говоря, в этот день Иов, которого на протяжении полугода не допускали к патриарху, впервые встретился с Иеремией. Наконец, 26 января в Успенском соборе Иеремия с сонмом архиереев совершил над Иовом полную архиерейскую хиротонию.

Патриарх Иеремия провёл в Москве ещё несколько месяцев, на протяжении которых под бдительным контролем царя Фёдора Ивановича и Бориса Годунова создавалась «Уложенная грамота об учреждении в России Патриаршего престола»296. Эта грамота интересна ещё и тем, что впервые в официальном государственном документе содержится почти дословное воспроизведение идеи «Третьего Рима», которая должна была подтвердить законность и логичность утверждения в России высшего церковного титула: «Понеже убо ветхий Римъ падеся Аполинариевою ересью; вторый же Римъ, иже есть Костянтинополь Агарянскими внуцеми… обладаем; твое же, о благочестивый Царь, великое Российское царствие, третей Римъ, благочестиемъ всехъ превзыде… и ты единъ подъ небесемъ Христианский Царь…»297. Следовательно, впервые русские церковно-политические власти добились от вселенского патриарха признания особой миссии России в мире. А ведь до того времени греки, и прежде всего, представители восточных Церквей очень долго отказывались соглашаться с тем мнением, что Россия стала носительницей особой христианской миссии. Показателен в этом отношении пример преподобного Максима Грека, одного из самых авторитетных греческих мыслителей, который не признавал ни русских «новых чюдотворцев», ни новых представлений русских православных людей о своем месте в мировом пространстве298.

Только в мае 1589 г. Иеремия, подписав грамоту и получив от царя щедрые подарки, уехал из Москвы. В мае 1590 г. он созвал в Константинополе собор, который утвердил патриарший сан за предстоятелями Русской Церкви и пятое место русского патриарха в числе иных православных патриархов. Соборную грамоту, подписанную тремя патриархами (отсутствовала подпись Александрийского патриарха, потому что Александрийская кафедра была тогда вакантной) и другими епископами299, в июне 1591 г. доставили в Москву. Русские власти потребовали, чтобы московский патриарх был поставлен на третье место. В 1593 г. в Константинополе в присутствии московского посла Г. Афанасьева состоялся новый собор восточных иерархов, в котором участвовали патриархи Константинопольский, Александрийский (временно управлявший также Антиохийской кафедрой) и Иерусалимский. Собор согласился с возведением предстоятеля Русской Церкви в патриарший сан, но отказал поставить его на третье место в диптихе Православных Церквей и установил для московского патриарха лишь пятое место. Отказались греки и от признания особого роли России в христианском мире: ни в грамоте 1590 г., ни в Деяниях Константинопольского собора 1593 г. нет никакого упоминания о России как о «Третьем Риме»300. Впрочем, чтобы подчеркнуть своё уважение к русскому государю, Собор приговорил, что «благочестивейший царь московский и самодержец всея России и северных стран» будет вспоминаться в священных службах восточной Церкви «по имени, как православнейший царь»301. Как можно видеть, усилиями светских властей, Русская Церковь достигла цели, путь к которой начался ещё в середине XV в. – обрела патриаршество и сравнялась с иными Православными Церквами в своем статусе. Однако попытка русских светских властей ещё более возвысить авторитет Русской Церкви, а также добиться признания от восточных патриархов особой роли России в мировой истории не увенчалась успехом.