С именем митрополита Симона связано ещё одно важное событие в церковно-государственных отношениях: он был первым из русских духовных владык, которому в 1495 г. митрополичий жезл вручил сам великий князь. С той поры утверждение глав Русской Церкви стало прерогативой московского великого князя. Как отмечают исследователи, «чин поставления Симона в митрополиты, при котором великий князь вручал поставляемому пастырский жезл, как бы закреплял за великим князем канонические права византийского императора и прежде всего, права инвеституры»291. Позднее эти права перешли к русскому царю.

В дальнейшем можно найти немало примеров, когда русские правители, ощущая себя самодержавными, то есть независимыми государями, достаточно вольно обращались с церковными владыками. В 1521 г. по требованию великого князя Василия III с митрополичьего стола был сведён митрополит Варлаам (занимавший кафедру с 1511 г.), отказавшийся развести московского правителя с первой женой. В 1568 г. по приказу царя Ивана IV Васильевича был насильно низложен митрополит Филипп (глава Церкви с 1566 г.), отказавший благословить опричные деяния. В 1586 г. царь Фёдор Иванович отставил от кафедры митрополита Дионисия (бывшего в это роли с 1581 г.), посмевшего обличать царского шурина Бориса Годунова. Более того, даже бояре, дорвавшиеся до самостоятельной власти, начинали вести себя «самодержавно» по отношению к главам русской Церкви: в 1539 г. бояре Шуйские низложили митрополита Даниила (митрополит с 1521 г.), а в 1542 г. отправили на покой неугодного им митрополита Иоасафа (митрополит с 1539 г.). Время правления других духовных владык в XVI столетии было недолгим, они либо сами уходили на покой, как это сделал в 1566 г. не пожелавший оправдывать опричнину митрополит Афанасий (митрополит с 1564 г.), либо, как Кирилл (правил в 1566– 1572 г.) и Антоний (правил в 1572–1581 гг.), не вступали ни в какие конфликты со светской властью, а тихо и мирно оканчивали свои дни в митрополичьем сане (правда, незадолго до кончины Антоний, предчувствуя свою смерть, ушел на покой в монастырь). Лишь митрополит Макарий, своими личностными качествами и практическими делами завоевавший абсолютный духовный авторитет у современников, в том числе и у царя Ивана IV Васильевича, пребывал предстоятелем Русской Церкви почти двадцать лет, с 1542 по 1563 г.

Ещё одна проблема – стремление светской власти реквизировать церковное землевладение и иное церковное имущество. В XV–XVI вв., на фоне мощного духовного подъёма русского общества, а также всплеска апокалиптических настроений, произошло резкое увеличение числа православных храмов и монастырей и, одновременно, начался бурный рост церковного землевладения и другого церковного имущества. Объяснение тому простое: пребывая в напряжённой духовной обстановке, люди, надеясь на «добрый ответ» на скором Страшном суде, массово делали земельные, денежные и имущественные вклады «на помин души» в монастыри и храмы. Вкладчиками, в большинстве своем, были землевладельцы различного состояния и звания, в том числе и члены великокняжеской, позднее, царской семьи, да и сами государи. Как пишет А. И. Алексеев, «состоятельные миряне стремились заручиться молитвами братии о спасении себя и близких, обеспечить постриг в стенах монастырей старым и больным сородичам». Здесь же отмечается, что первым в этом ряду стал Иосифо-Волоцкий монастырь, «уникальной особенностью» которого оказалась «разработка образцовой системы поминания умерших, в которой размер вклада соответствовал характеру поминания»