В это время Флоренский занимался не только электротехникой, но и подготовкой к изданию философского труда «У водоразделов мысли», в котором рассматривал, в частности, и вопросы науки.

Глубокий философский подход к любой деятельности, характерный для Флоренского, позволил ему сформулировать оригинальные мысли о науке и научных исследованиях. Он изложил их во множестве источников: статьях, письмах, в отдельных произведениях, но нет обобщающей книги о философии науки наподобие таких его книг как, например, «Столп и утверждении истины» или «Диэлектрики и их техническое применение».

В своей первой крупной философской работе «Столп и утверждении истины» он уже затрагивает вопрос об условиях возникновении науки: «Два чувства, две идеи, две предпосылки необходимы были для возможности возникновения науки: во-первых, чувство и идея, имеющее своим содержанием возникновение единства…; во-вторых, чувство и идея, утверждающие подлинную реальность…, как таковой. … Эта антиномия, во все своей решительности, является основой современной науки; вне её – нет науки» [9, с. 282]. И хотя это высказывание прозвучало в контексте обсуждения догматов о провидении Единого Бога и творении мира, в сущности, оно отражает реальную сторону науки, когда для понимания научного факта, требующего объяснения, необходима начальная идея о том, как может этот факт быть связан с реальностью.

Этот тезис нашел свое продолжение в подготавливаемой им книге «У водоразделов мысли» где один из разделов был посвящен науке – «Наука как символическое описание», который был опубликован в 1922 году [10]. В этом небольшом по объёму произведении в полной мере проявилась его эрудиция в вопросах развития истории философии науки о том, как менялись представления о науке и ее возможностях. Он щедро цитирует высказывания выдающихся физиков XIX-го века, когда европейская наука совершила великие открытия в физике и появилось представление, что все можно объяснить с научной точки зрения: «Лаплас даже воображал себе ум, могущий предсказать ход природы на всю вечность, раз будут даны массы всех тел, их положения и начальные скорости, … другой исследователь, …объявил задачею механики – "дать наиболее полное и возможно более простое описание движений, происходящих в природе". Это был один из наиболее заслуженных физиков XIX-гo века, знаменитый основатель спектрального анализа, Густав Роберт Кирхгофф… эти совокупные усилия утвердили общество в мысли, что действительно физическая теория есть не более как символическое описание, "упрощенное и упорядоченное описание"».

Собственно, суть его работы – понять правильность этого мнения и сформулировать, что собой представляет научное исследование. Он опирался на высказывания Г. Герца, который утверждал: «…мы создаем себе внутренние образы или символы внешних предметов и создаем мы их такими, чтобы логически необходимые последствия этих образов были всегда образами естественно необходимых последствий, изображенных в них предметов» и, следовательно, по мысли Флоренского: «Предпосылкой возможности этого метода служит требование, чтобы существовало известное согласие между природою и нашим духом…. Образы, о которых мы говорим, суть наши представления о вещах». Рассматривая далее различные подходы к созданию «образов» различными научными школами: с одной стороны – французскими и немецкими, а с другой – английскими, Флоренский сформулировал: «Нам полезнее обратить взор к уму английскому, не терпящему в науке придворной чопорности и условного, задним числом наводимого единства, – к отважной мысли, показывающей себя в не заштукатуренном и не прикрашенном виде, с теми скачками, невязками, противоречиями и отступлениями, которые свойственны живой, не препарированной умственной деятельности, … чтобы легче разобраться в сути научной деятельности».