Следующая историческая веха деятельности отечественных военных судов в особый период связана с пребыванием советских войск в соседнем азиатском государстве – Афганистане.

В течение 10 лет ограниченный контингент советских войск фактически участвовал в боевых действиях на территории Афганистана, как тогда отмечалось, «оказывая помощь афганскому народу в защите завоеваний Апрельской Революции 1978 г.». На территорию Афганистана была введена вновь сформированная 40-я армия, части которой прежде дислоцировались в различных регионах страны.

Для поддержания воинской дисциплины и правопорядка в армии в местах сосредоточения войск за рубежом были созданы военные прокуратуры и военные трибуналы. Всего заново было создано 5 военных трибуналов: 1 военный трибунал армии и 4 военных трибунала гарнизона. Все они имели условные наименования войсковых частей.

В своей деятельности указанные военные суды руководствовались «Положением о военных трибуналах» 1958 г. (в ред. 1980 г.), Уголовным и Уголовно-процессуальным кодексами (все военные трибуналы, дислоцировавшиеся в группах войск за границей, как на востоке, так и на западе, применяли УК и УПК именно РСФСР). Судопроизводство в военных трибуналах производилось с соблюдением всех установленных законодательством СССР и РСФСР демократических принципов: равенства граждан перед законом и судом, презумпции невиновности, права на защиту, права на обжалование решений суда в вышестоящий суд, гласности и состязательности процесса, участия граждан в правосудии.

Военные трибуналы армии и гарнизонов, действовавшие в войсках, дислоцировавшихся в Афганистане, являлись судами первой инстанции. В соответствии со ст. 11–12 «Положения о военных трибуналах» им были подсудны дела о военнослужащих, проходящих военную службу в войсках ограниченного контингента советских войск в Афганистане, и гражданских лиц, находящихся в этих войсках.

Судом второй инстанции по отношению к названным военным трибуналам являлся военный трибунал Туркестанского военного округа, который выступал в качестве суда первой инстанции по делам, подсудным военному трибуналу округа.

В судах первой инстанции все уголовные и гражданские дела рассматривались коллегиально в составе судьи военного трибунала и двух народных заседателей, избираемых на общих собраниях военнослужащих обслуживаемых воинских частей.

По большинству рассматриваемых дел в качестве защитников допускались юрисконсульты (адвокаты), состоящие непосредственно в штатах военных трибуналов. Это были офицеры с высшим юридическим образованием. Такое положение не являлось исключением, поскольку юрисконсульты-адвокаты состояли в штатах всех военных трибуналов, находящихся в то время за границей (ГДР, ЧССР, ВНР, ПНР, Монголия, Куба, Вьетнам).

Если подсудимый ходатайствовал о допуске защитников из числа гражданских коллегий адвокатов, дело рассматривалось на территории СССР, независимо от того, что это обстоятельство было сопряжено с дополнительными организационными трудностями.

На территории СССР рассматривались и те дела, по которым необходима явка в суд потерпевших, убывших из Афганистана в СССР, либо родственников погибших в результате преступных действий военнослужащих.

Большое значение военными трибуналами придавалось гласности судебного разбирательства. Подавляющее большинство дел рассматривалось в расположении воинских частей в присутствии личного состава. Так, в 1986 г. военный трибунал войсковая часть – полевая почта (в/чп. п.) 22456 рассмотрел в расположении частей 91 % дел, военный трибунал войсковая часть – полевая почта 51020-83 %. Материалы судебных процессов широко использовались офицерами трибуналов и правовым активом воинских частей в правовоспитательной работе.