Со второй половины XV века начинается завершающий этап порабощения аборигенов Японских островов японцами. Во второй половине столетия ведущая роль в деле покорения айнов и захвата их земель перешла к феодалам клана Мацумаэ, которые начали с острова Хонсю проникновение на еще не входивший тогда в состав Японского государства остров Эдзо (Хоккайдо). На юге этого острова, на полуострове Осима, японцами был сооружен первый опорный пункт (военное поселение) с замком, где сосредотачивались японские колонисты, готовившие свои военные кампании против айнов. Почти вся четырехсотлетняя история феодального объединения Мацумаэ на севере архипелага вплоть до XIX века представляет собой непрерывную цепь карательных экспедиций и войн по подчинению айнского населения японскому владычеству. Отношение мацумаэсского клана к айнам, как писал русский востоковед Д. М. Позднеев, можно охарактеризовать одним словом: истребление.

С 1457 года, при основателе клана Мацумаэ Такэда Нобухиро (1431–1494), японцы воевали с айнами, которыми руководил их вождь Косямаин. К числу наиболее значительных айнских выступлений XVI века относятся войны 1525 и 1529 годов под предводительством айна Танасягаси и 1536 года под руководством Тариконны. В XVII веке произошли несколько мощных восстаний айнов в 1643 (восстание Мэннаукэи), 1653 и 1662 годах. Все они были с особой жестокостью подавлены японцами.

Одним из последних крупных выступлений айнов за свою независимость была война против японского господства, организатором которой являлся айнский вождь Сякусяин, пользовавшийся большим авторитетом среди коренного населения Хоккайдо. Война, продолжавшаяся почти три года (с 1669 по 1672 год), держала в большом напряжении феодалов Мацумаэ. Она была закончена лишь ценой огромных усилий. В сражении в местности Куннуи японцы применили против айнов, вооруженных луками и ядовитыми стрелами, огнестрельное оружие – пушки и ружья, в результате чего последние понесли тяжелые потери. По свидетельствам хронистов, убитых было так много, что их невозможно было даже сосчитать. Сам Сякусяин был, как всегда это делали японцы, обманом завлечен в лагерь японцев и изрублен там на куски самураями.

Несмотря на поражение, Сякусяин навсегда остался в памяти айнов как их национальный герой. В 1970 году в поселке Сидзунай, на высоком холме, господствующем над городком, на том месте, где был тяси – один из последних укрепленных лагерей айнского героя, при поддержке тогдашнего губернатора Хоккайдо Матимуры Кинго был открыт памятник Сякусяину.

Ежегодно 23 сентября в его честь айнские жители поселка устраивают праздник, во время которого преподносят к пьедесталу инау – культовые жертвенные предметы айнов особой важности, представляющие собой заструганные палочки. Деньги на памятник были собраны айнами и японцами – членами «кружка памяти Сякусяина». Однако не всем понравилось то, что губернатор Хоккайдо участвовал в сборе средств для памятника айну. Националисты сочли позором для японской нации участие губернатора в таком мероприятии и замазали после открытия памятника краской имя главы острова, обозначенное на постаменте.

Неудача восстания Сякусяина, можно считать, привела практически к окончательному военному поражению айнов на Хоккайдо, подавлению силой оружия и подчинению их мацумаэсскому клану. Военные правители острова обязали старейшин айнских локальных групп демонстрировать «подобострастие» аборигенов, устраивая так называемые регулярные «административные» встречи (или «аудиенции») – уимам. Уимам ежегодно начали проводить с середины XVIII века, и проходили они обычно в главном управлении клана Мацумаэ в Хакодатэ. Айны рассматривали такие встречи как проявление формальной торговли с японцами. Во время этих встреч айны обычно обменивали продукты охоты и рыболовства на японскую одежду, ремесленные товары и продовольствие (рис и др.).