Другими персонажами хроник были храбрец и герой Ямато-такэру-но Микото (Ямато-дакэ), посланный для усмирения в двенадцати землях «Восточной стороны» эбису («восточных дикарей»), считавшихся наиболее сильными из варваров, и полководец Абэ-но Хирафу. В научной литературе эти дикари (или, как их еще называли, эмиси, а позже эдзо) рассматриваются как аборигены архипелага, то есть предки современных айнов. Японские герои, согласно сказаниям, вели с местным населением настоящие войны.

Впоследствии, после создания в Японии раннефеодального государства, войны становятся постоянными и приобретают еще более напряженный характер. Записи о военных кампаниях, завоевательных походах и карательных экспедициях против «непокорных дикарей» (в источниках IX, X, XI веков и далее) приобретают уже не сказочный вид, как в «Кодзики» и «Нихонги», а, скорее, становятся похожими на боевые сводки, в которых фигурируют десятки тысяч японских воинов, воюющих со «злом». Причем, как указывалось в сообщениях японских военных, они часто не могли на равных противостоять аборигенам, уступая последним.

Однако политика активного вытеснения аборигенов действовала, и предки айнов вынуждены были уходить со своих земель, а в случае любого сопротивления местное население истреблялось. В занятых же областях коренные жители подвергались ассимиляции.

По мере активизации действий японцев по колонизации айнских территорий сопротивление аборигенов постепенно нарастало. Каковы были масштабы боевых операций, свидетельствуют данные, отраженные в энциклопедическом издании «Кокуси дай дзитэн» («Большой словарь истории государства»). В период правления императора Конин (770–781) против айнов несколько раз направлялись многотысячные дружины.

Во время восстания айнского вождя Атэруя, в 780 году, отряд японцев в 6 тысяч человек был разбит айнами на реке Китаками. В 803 году Атэруй с помощью подкупа был захвачен и убит японцами (сомнительно, конечно, чтобы японцы позволили жить Атэрую после своего поражения 23 года).

При императоре Камму (781–806) военачальник Кино Косами, назначенный на должность «посланника для усмирения Востока», предводительствовал уже войском в 52 тысячи человек, воевал с коренным населением целый год, но неудачно, в результате чего вынужден был отступить.

Айны, выставляя против японцев сотни и тысячи лучников, особенно хорошо воевали в лесах и горах, где они были почти неуязвимы. Опасность со стороны аборигенов для японцев была настолько велика, что император Сага (809–823) издал в 811 году специальный указ, в котором предписывал командующим войсками «усердно вести дело», так как от исхода борьбы с аборигенами зависело благосостояние и судьба государства.

В 878 году восставшие айны сожгли японскую крепость Акита. В 1051 году на севере Хонсю айны в очередной раз подняли восстание против японцев.

В XI веке японцы дважды воевали против айнов – в 1056 и 1083 годах. Эти войны получили названия «Первая девятилетняя война» и «Последующая трехлетняя война».

К концу XII столетия айны были вытеснены японцами на север Хонсю. Но еще в XV веке граница между айнскими и японскими территориями проходила приблизительно в районе нынешнего города Сэндай в префектуре Мияги. Военные кампании раннего Средневековья, а иногда и мирные контакты айнов и японцев, осуществлявшиеся с японскими крестьянами, бежавшими от феодального гнета в пограничные районы, со сторонниками мелких и крупных феодалов, разбитых в междоусобных войнах, скрывавшихся на айнских территориях от противников, в конечном итоге повлияли на определенные стороны жизни последних. В частности, связи японцев и айнов на северо-востоке Хонсю оказали влияние на формирование некоторых особенностей воинского сословия – самурайства.