В 1990 году Кондилис получает двухгодичную исследовательскую стипендию фонда Humboldt-Stiftung, в 1991 году медаль имени Гёте за большой вклад в немецко-греческий культурный обмен, а в 1994 году становится стипендиатом Wissenschaftskolleg в Берлине. Получение Кондилисом этих престижных стипендий и премий совпадает с высшей точкой его популярности в Германии. К тому моменту выходят в свет (и вызывают широкую дискуссию) его работы «Консерватизм» и «Упадок буржуазного мышления», а Кондилис активно публикуется в немецких академических журналах и популярной прессе, в частности во Frankfurter Allgemeine Zeitung (эти статьи позднее становятся частью сборников «Планетарная политика после холодной войны» и «Политическое в XX веке»). Однако в 1998 году Кондилис, в то время работавший над расширением своего проекта социальной онтологии, выстроенного вокруг понятия политического, неожиданно умирает в возрасте 55 лет. Собранную им объемную библиотеку, отражающую многосторонность его взглядов, родственники Кондилиса передают университету имени Аристотеля в Салониках.

Кондилис был не только выдающимся философом, но и весьма продуктивным переводчиком и издателем текстов, оставив большое наследие. Он, с одной стороны, внес большой вклад в обогащение греческой интеллектуальной традиции, а с другой – повысил международный интерес к греческой философии. К сожалению, отсутствие у Кондилиса большой заинтересованности в развитии собственной школы, в основном непубличный характер его интеллектуальной деятельности, сложный стиль его письма, а также ранняя смерть привели к тому, что на сегодняшний день его наследие неизвестно широкой аудитории. Его идеи и методы, способные внести существенный вклад и в современные дебаты – о политическом реализме и нормативизме, о кризисе консерватизма, о траектории развития европейской культурной традиции и о взаимосвязи философии и социальных наук, – до сих пор имеют ограниченное влияние, даже несмотря на новую популярность работ Кондилиса на его родине в Греции.

Основную часть интеллектуального наследия Кондилиса, помимо его переводов и выпущенных им сборников и антологий, составляют философские труды. Ключевыми для Кондилиса являлись три направления: исследования в области истории идей, анализ политических проблем и разработка оригинальной теории социальной онтологии. В первую группу входят, прежде всего, «Возникновение диалектики» (1979) и «Просвещение в рамках рационализма Нового времени» (1981), а также книги «Теории войны: Клаузевиц – Маркс – Энгельс – Ленин» (1988), «Метафизика Нового времени» (1990) и «Упадок буржуазного мышления и образа жизни» (1991). Примером политических работ служат «Планетарная политика после холодной войны» (1992) и «Политическое в XX веке» (2001). Нашумевшую монографию Кондилиса – «Консерватизм: его историческое содержание и упадок» (1986) – можно отнести одновременно к первому и второму направлению. Наконец, к третьей группе относятся первый том «Социальной онтологии» под заглавием «Политическое и человек: Социальные отношения, понимание, рациональность» (2001), а также неопубликованные заметки Кондилиса к следующим томам и, с некоторыми оговорками, «Власть и решение» (1984). Следует отметить, что у Кондилиса работы по истории идей и представленная в них теория современности служат основой и отправной точкой для двух других направлений.