Впрочем, даже в этой ситуации, возможность занять опустевший трон еще сохранялась. В России не существовало закона о престолонаследии, а после смерти царевича Алексея в 1670 году никаких распоряжений на этот счет царь не издавал, поэтому все решалось в последние часы жизни Алексея Михайловича и у всесильного Матвеева, вместе с царицей Натальей Кирилловной, был шанс протолкнуть кандидатуру Петра. Однако, из воспоминаний современников ясно что, ни Матвеева, ни царицы у смертного одра не было, их допустили к телу только после смерти, когда все уже было решено. За три часа до своей кончины Алексей Михайлович по просьбе окруживших его вельмож благословил своего сына Федора на царство. Так, во всяком случае, было объявлено. Бояре быстренько отнесли Федора в Грановитую палату (сам он ходить не мог), усадили на трон и тут же ему присягнули. Вот и все, Матвеев промедлил и проиграл!

Вот и все, А.С. Матвеев проиграл, но кому, кто смог противостоять всесильному временщику? На этот вопрос ответить не сложно – опекун царевича Федора князь Михаил Юрьевич Долгоруков, потомственный Рюрикович, родственник боярина Бориса Морозова и Милославских. Так началось шестилетнее правление Федора Алексеевича, а для А.С. Матвеева наступили «черные» дни. В одной польской брошюре прямо указывалось на то, что А.С. Матвеев пытался возвести на престол четырехлетнего Петра, а в кружках иностранцев рассказывали, что его обвиняли в желании сделаться царем, о чем писал Лефорт. Не подлежит сомнению, что основания для этого действительно были. Правда, официально А.С. Матвеева обвинили только в казнокрадстве, но, видимо посчитав, что этого мало добавили еще покушение на жизнь царя. Лекарь Берлов доносил, что Матвеев хотел отравить Федора Алексеевича, во время его тяжелой болезни, что подтвердили и дядьки царя Ф.Ф. Куракин и И.Б. Хитрово. Обвинений было вполне достаточно, чтобы отправить А.С. Матвеева на эшафот. Началось следствие.

«Думский дворянин Соковнин и думский дьяк Семёнов взяли с Матвеева «сказку» о том, как составлялись и подносились лекарства больному царю Фёдору Алексеевичу. Матвеев показал, что лекарства составлялись докторами Костериусом и Стефаном Симоном по рецепту, а рецепты хранятся в Аптекарской палате. Всякое лекарство отведывал прежде доктор, потом он, Матвеев, а после него дядьки государевы, бояре Фёдор Фёдорович Куракин и Иван Богданович Хитрово, после же приёма лекарство допивал опять же он, Матвеев, в глазах государя». (Нахапетов)

Доказать ничего не смогли, но уже 1 февраля 1676 года А.С. Матвеев был отстранен от руководства Аптекарским приказом. Понимая, что Федор Алексеевич долго не заживется на этом свете, Милославские старались быстрее избавиться от Нарышкиных и их влияния при дворе и укрепить свою власть. В июле 1676 года А.С. Матвеев был лишен всех должностей и имущества и отправлен в ссылку. В октябре 1676 года Кирилл Полуэктович Нарышкин, отец Натальи Кирилловны был снят с руководства важнейшими финансовыми приказами – Большой казны и Большого прихода. В 1677 году братья царицы Иван и Афанасий Нарышкины были приговорены Думой к смерти по обвинению в подготовке убийства государя. Нужно отдать должное юному царю, упорно не допускавшему расправы над ненавистными родне его матери Нарышкиными. Смертную казнь обоим братья царицы он заменил ссылкой. Наталья Кирилловна с детьми жила в Преображенском.

Правление Федора Алексеевича было довольно коротким, всего шесть лет, однако именно при нем был заключен в 1681 году выгодный для Москвы Бахчисарайский мирный договор с Турцией, отменено местничество (1682 год) и сожжены разрядные книги. Мир обеспечивал спокойствие на южных рубежах страны и значительно сокращал военные расходы. Не случайно бюджет 1680 года впервые за долгое время был профицитным. С отменой местничества существенно ослабло влияние знатности рода, и понизился авторитет Боярской думы. Теперь при назначении на должность в армии и государстве принимались во внимание способности и трудолюбие личности, а не мнимые «заслуги» предков. Правда, в связи с юным возрастом и тяжелой болезнью сложно определить степень личного участия в этом самого Федора Алексеевича, что впрочем, неважно. По сути дела он оказался глубоко несчастным человеком. Умным, честным, порядочным, но очень несчастным. У этого смертельно больного юноши хватило духовных сил пойти против своей родни (Милославских) и жениться по большой любви на красавице Агафье Грушецкой, пережить ее смерть и смерть новорожденного сына и даже вторично жениться, но дождаться наследника ему так и не довелось. Не будь Федор таким честный и принципиальным (некоторые могут сказать: молодым и глупым), все могло быть иначе. Не в том смысле, что он прожил бы долгую и счастливую жизнь (он был обречен), а в том, что мог оставить «наследника» и история России пошла бы по другому пути. Милославские, зацепившись за власть, прекрасно понимали, что времени у них мало. Они предлагали Федору жену из своего окружения, и согласись он на этот вариант ему бы быстренько «помогли» обзавестись здоровым наследником, примерно так, как это сделал Матвеев. Федор, по молодости лет был романтиком и поэтому выбрал Агафью Грушецкую, а с ней подобные «фокусы» Милославские проделать не могли и даже более того, родившийся наследник никаким образом не устраивал их, поскольку за ним стояли совершенно другие люди. В этой связи вызывает большие подозрения смерть на третий день после родов молодой царицы Агафьи и на десятый день ее новорожденного сына. Этот наследник не устраивал ни Милославских, ни Нарышкиных, поскольку и те и другие теряли власть практически навсегда.