В декабре 1806 года в сражении под Пултуском Михаил Богданович, командуя пятью полками, надежно прикрыл правый фланг армии Бенигсена. Его противником оказался и маршал Ланн – один из лучших полководцев Наполеона. Барклай дважды бросал в штыковые атаки своих солдат и помешал французам разгромить главные силы русской армии, потерпевшей поражение. За храбрость, проявленную в бою под Пултуском, он был награжден орденом св. Георгия 3-й степени. В боях с французами в Восточной Пруссии 25 января 1807 года отряд Барклая выдержал удары французской армии, которой командовал сам Наполеон, и дал возможность главным силам русских собраться у Прейсиш-Эйлау.

26 января Барклай был тяжело ранен и увезен для лечения в Мемель. В Мемеле героя последней войны посетил император Александр I. Визит царя сыграл значительную роль в судьбе генерала: именно тогда между ними состоялась длительная беседа, в которой Михаил Богданович высказал Александру ряд идей, по-видимому показавшихся тому интересными. По свидетельству историка Георга Нибура, близко знавшего Барклая, у русского генерала еще в Мемеле сложился план отступления и завлечения французской армии в глубь России, чтобы, удалив французов от их баз и отнимая у них продовольствие и фураж, нанести Наполеону поражение.

Барклай еще лечился в Мемеле, когда в Тильзите Александр I и Наполеон подписали мир, сильно изменивший внешнюю политику России – из антифранцузской она стала антианглийской. Велись войны с Австрией, Швецией. Кроме того, не прекращались войны с Турцией и Персией. Численность русской армии достигала 600 тысяч воинов, но буквально каждый человек был на счету.

Едва оправившись от раны, генерал Барклай отправился в Финляндию, где возглавил 6-ю пехотную дивизию. Когда территория Финляндии была очищена от шведских войск, дивизия Барклая в марте 1809 года получила приказ двинуться по льду Ботнического залива и овладеть городом Умео. По ледяным торосам, через полыньи и сугробы дивизия прошла за двое суток около ста верст. Не желая обнаружить себя, солдаты спали на снегу, не разжигая костров. Лишь в последнюю ночь, когда стужа стала невыносимой, они разобрали на дрова два вмерзших в лед купеческих корабля и, немного согревшись, двинулись дальше. 12 марта шведский город Умео был без боя взят Барклаем, что привело к быстрой капитуляции Швеции. За успехи в русско-шведской войне Барклаю был присвоен чин генерала от инфантерии. Одновременно он был назначен главнокомандующим в Финляндии и генерал-губернатором этой новой территории России.

В январе 1810 года император Александр I назначил Барклая военным министром.

С первого же дня своей деятельности новый министр начал энергичную и всестороннюю подготовку армии к большой войне. Первым делом необходимо было увеличить численность личного состава, ибо непрерывные войны привели к резкому сокращению русских войск. Барклай изменил и структуру армии, сведя ее в дивизии и корпуса, причем каждый корпус состоял из пехоты, кавалерии и артиллерии. Такой корпус мог решать любую тактическую задачу. Особое внимание уделил военный министр резервам, создав накануне войны резерв из 18 пехотных и кавалерийских дивизий и 4 артиллерийских бригад.

По приказу Барклая командиры русских частей с 1810 года начали посылать разведчиков в соседние государства. Работу с агентами направляли резиденты на границе. Два особых резидента находились в г. Радзивиллове – братья Гирсы (капитан и почтмейстер). Туда стекались все разведывательные донесения из Европы, предназначенные для военного министра. В качестве агентов использовались и жители пограничных районов, выезжавшие за границу. Они сообщали обо всем увиденном и услышанном в поездке.