Однако из-за борьбы с военными и чиновниками, а также тотальной занятости здоровье Флоренс значительно ухудшилось. Найтингейл постоянно мучили приступы депрессии – с матерью и сестрой отношения у нее были, мягко говоря, натянутые. Друзья заметили, что состояние Флоренс всегда резко ухудшалось, как только она узнавала, что мать и сестра собираются навестить ее! Она страдала от бессонницы и тахикардии. Более того, она не могла заставить себя есть и пила только черный чай. Найтингейл дошла до такого состояния, что многие ожидали, что она скоро умрет.

Несмотря на столь плачевное состояние, Флоренс умудрялась находить в себе силы, чтобы работать больше, чем любой здоровый человек. Она много писала и занималась научными исследованиями. Казалось, она использовала свою болезнь как возможность остаться одной, чтобы целиком посвятить себя любимой работе.

В начале 1858 года была опубликована брошюра Найтингейл «Заметки о госпиталях». В ней был обобщен ее опыт обследования работы английских и зарубежных больниц, а также описывалась ее деятельность в годы Крымской войны. Книжка начиналась фразой: «Самое первое необходимое требование: госпиталь не должен причинять вреда никому из больных». Работая над «Заметками», Найтингейл тщательно проанализировала информацию, которую ей помогал собирать доктор Уильям Фарр, статистик и член Королевской военно-медицинской комиссии. Этот анализ выявил высокий уровень смертности в госпиталях того времени, причем в основном не по медицинским, а по другим причинам.

«Заметки о госпиталях» пользовались большим спросом у читателей. Их не смущало обилие в книге цифр, таблиц и диаграмм. После выхода книги к Найтингейл как к специалисту обращались больницы многих стран Европы с просьбой о помощи или консультации.

Вскоре Найтингейл закончила «Заметки об уходе за больными». Они вышли в свет в 1859 году и вскоре были переведены на многие европейские языки. В них Найтингейл писала: «Уход – это приведение больного в наилучшее по возможности состояние с помощью лечения естественными средствами». Под словом «естественный» понимались природные ресурсы человеческого организма, помогающие справляться с болезнью. На основании собственного опыта Найтингейл пришла к неожиданному выводу, что чаще всего больные сильнее страдают от причин, не связанных непосредственно с самой болезнью. В своей книге Флоренс определяет уход за больным как «приведение пациента в оптимальное для него состояние с помощью свежего воздуха или солнечного света, тепла, молчания, гигиены, правильного питания, изменения настроения, безопасности и так далее».

«Заметки об уходе за больными» предназначались для обычных женщин, однако вскоре книга превратилась также в учебное пособие для сестер милосердия. Вскоре неутомимая Найтингейл выпустила на основе «Заметок об уходе за больными» еще одну книгу, написанную более простым языком и называвшуюся «Заметки об уходе за больными для трудящихся классов». Так она надеялась распространить знания об уходе за больными во все слои общества.

«Фонд Найтингейл» позволил ей не ограничиться созданием научных и научно-популярных работ по санитарии, а перейти к практической деятельности – созданию первой в Англии Школы сестер милосердия. Она была открыта на базе госпиталя святого Фомы близ Лондонского моста через шесть месяцев после выхода в свет «Заметок по уходу за больными». Руководителем Школы стала Сара Уордропер, старшая сестра госпиталя святого Фомы. Именно ее в свое время Найтингейл попросила отобрать сестер милосердия для работы в госпиталях во время Крымской войны.