Водопьянов предложил осуществить налёт бомбардировщиков на фашистскую Германию, бомбить Берлин. С островов Саарема (Эзель) и Хиума (Даго) советская авиация нанесла бомбовые удары по Берлину и промышленным центрам Германии.

На заседании Политбюро ЦК ВКП(б), на котором присутствовали И. В. Сталин, нарком обороны маршал С. К. Тимошенко и начальник Генерального штаба генерал армии Г. К. Жуков, было принято решение о преобразовании Прибалтийского, Западного и Киевского особых округов в Северо-Западный, Западный и Юго-Западный фронты. Их командующими стали, соответственно, генерал-полковник Ф. И. Кузнецов, генерал армии Д. Г. Павлов, генерал-полковник М. П. Кирпонос.

Основной причиной отказа Сталина от выступления в первый день войны была неясность положения на фронтах. Но только он мог написать слова: «Наше дело правое. Враг будет разбит. Победа будет за нами». Это чисто сталинский стиль, когда предложения не очень красивы, но каждое слово запоминается на всю жизнь. Да и сам Молотов не отрицает, что он составлял текст речи вместе со Сталиным.

23 июня 1941 года было принято постановление СНК и ЦК ВКП(б) об образовании Ставки Главного командования под председательством С. К. Тимошенко. 10 июля Ставка Главного командования была преобразована в Ставку Верховного командования и фактически её возглавил Сталин. 8 августа 1941 года Ставку Верховного командования преобразовали в Ставку Верховного главнокомандования (ВГК), и Сталин стал Верховным главнокомандующим, а Г. К. Жукова назначил своим заместителем в августе 1942 года.

Сталин не был удовлетворён деятельностью Наркомата обороны. 19 июля 1941 года И. В. Сталин заменил С. К. Тимошенко на посту наркома обороны, а своим 1-м заместителем на данном посту в августе 1942 года назначил Г. К. Жукова. В результате Сталин в самом начале войны взвалил на свои плечи, как руководство государством, так и руководство Советскими Вооружёнными Силами.

С июля 1941 года начальником Генерального штаба был вновь назначен Б. М. Шапошников, который сменил Г. К. Жукова. С июня 1942 года начальником Генерального штаба – основного оперативного рабочего органа Ставки Верховного Главнокомандования по стратегическому планированию и руководству Вооружёнными Силами на фронтах – был назначен А. М. Василевский, который до этого был заместителем начальника Генерального штаба. В октябре 1942 года Сталин назначил Василевского также заместителем наркома обороны СССР. И как начальник Генерального штаба, и как заместитель наркома обороны А. М. Василевский находился в непосредственном подчинении у И. В. Сталина. Наркомом (министром) вооружения СССР в 1941 году был назначен Д. Ф. Устинов, который тоже непосредственно подчинялся председателю СНК И. В. Сталину.

24 июня 1941 года было принято решение о создании Совета по эвакуации во главе с Л. М. Кагановичем для эвакуации населения, учреждений, военных и иных грузов, оборудования предприятий и других ценностей. Через три дня было принято постановление о порядке вывоза и размещения людских контингентов и ценного имущества, а также постановление о вывозе из Москвы государственных запасов драгоценных металлов, драгоценных камней, Алмазного фонда СССР и ценностей Оружейной палаты Кремля. 3 июля 1941 года председателем Совета по эвакуации был назначен Н. М. Шверник.

29.06.1941 года была принята ранее упоминаемая «Директива Совнаркома СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей». Это был глубоко продуманный документ, конкретно определяющий действия советской власти и народа в годы войны.