Семенов утверждал также, что его группа действовала в Москве если не по поручению всего ЦК партии правых эсеров, то хотя бы с ведома его членов, Гоца и Донского. А затем якобы Гоц с Донским отказались признать причастность партии к акции на заводе Михельсона, объявив Семенову партийный выговор за излишнюю инициативу, а попавшую в руки ЧК Каплан постановили считать непричастным к партии частным лицом. Хотя, как показывал Семенов, член партийного ЦК Анастасия Биценко вместе с ним и Коноплевой приезжала в тот день к заводу Михельсона, и у ворот завода они устроили сходку всей боевой группы, разогревая друг друга речами о предстоящем им великом деле. После чего Биценко забрала у Каплан предназначенную изначально для покушения бомбу, которую решили не использовать из опасения больших жертв случайных людей в заводском дворе, и покинула место покушения, дав приказ группе Семенова действовать. Все это выглядит очень правдоподобно, если учесть, что глава Московского отделения партии эсеров и опытная террористка Биценко организовала не одну подобную акцию, что из ее рук и Блюмкин получал бомбу, идя убивать посла Мирбаха. Но эти показания оказались очень удобными для ЧК тогда, да и позднее, когда бывшая эсерка Биценко после второго ее ареста по этому делу расстреляна в 1937 году вместе с Семеновым и Коноплевой.

А вот дальше спор между лидерами большевистского правительства и ведшими следствие руководителями ЧК и быстрый расстрел Каплан до выяснения всех обстоятельств покушения говорят в пользу того, что ни в каком детальном расследовании дела власть не была заинтересована. А получила из личности Каплан улики против эсеров и торопилась объявить назревший с ее точки зрения «красный террор». Советская спецслужба в лице всероссийской ЧК здесь еще выступала в нехарактерной для нее затем роли жесткого поборника законной процедуры, требуя отложить казнь и продолжать расследование. Слишком много в ее руководстве поначалу было искренних фанатиков революции, верящих еще в своеобразную, но все же этику своего дела, в ущерб «политической целесообразности», о которой им твердили в те дни Свердлов с Троцким. Дзержинский с Петерсом в чистом виде олицетворяли тогда именно класс этих революционных романтиков.

Именно об этой первой касте чекистов английский автор книги «Большой террор» Роберт Конквест справедливо заметил, что они действительно были похожи на российских Робеспьеров, что это «люди, у которых при всей их беспощадности можно найти некоторые своеобразные черты извращенного благородства». Многие искренние противники советской власти, ужасавшиеся «красному террору» первых чекистов, возмущались и обрушивались на Конквеста с критикой за такую характеристику. Но он попал практически в точку, уловив этот парадокс, к тому же словосочетание «извращенное благородство» вряд ли можно отнести к комплиментам в адрес дзержинскому племени, как и сравнение с такой небесспорной исторической фигурой, как якобинский вожак Максимилиан Робеспьер.

Когда руководивший в те дни всей властью в Кремле при раненом Ленине Свердлов уже 31 августа после первого же допроса Каплан потребовал у Петерса завершать расследование, чтобы дать официальное заявление ВЦИК о том, что стреляли правые эсеры из партии Чернова (повод для «красного террора»), Яков Петерс категорически воспротивился. Судя по дневниковым записям самого Петерса, дошедшим до историков после их изъятия при аресте в 1938 году, зампред ВЧК дал второму после Ленина человеку в Советской стране настоящий революционный отлуп с точки зрения законности: «Никаких ее связей с партией пока не выявлено, что она правая эсерка – говорит пока лишь она сама. А таких дилетантов, как мы, самих надо сажать!» Если верить запискам Петерса, опубликованным позднее в «Известиях», Свердлов на это раздраженно отвечал: «Ну так посадите самих себя, а эту даму выпустите!» – и поначалу уехал с Лубянки ни с чем. У себя в кремлевском кабинете в присутствии подчиненных из ВЦИК Свердлов в сердцах прошелся по ВЧК и лично по Петерсу, обвиняя их в чистоплюйстве и дилетантстве. К неудовольствию сторонников версии о провокации самой ЧК в истории с покушением на Ленина, похоже, что именно руководство ЧК собиралось продолжать детальное расследование и даже поначалу могло оспаривать мнение первых лиц советской власти. Петерс ждал возвращения из Петрограда своего начальника и кумира Дзержинского, уверенный, что будет поддержан Железным Феликсом в своей позиции не допускать преждевременной расправы с Каплан.