Главная причина ухудшения экологической ситуации на Байкале заключается в начавшемся глобальном потеплении климата планеты, которое именно в Арктике, Сибири и на Байкале проявляется почему-то ускоренным темпом. В результате от интенсивных летних и осенних испарений снижается общий уровень водной массы озера, сокращается толщина льда и период его стояния. Климат побережий стал суше и умереннее. От этого границы лесов продвигаются в высокогорную тундру до непривычных для них заоблачных высот. Дальнейшее развитие экологической ситуации приведет к общему иссушению почвы, пересыханию мелких водных притоков, обмелению крупных рек, питающих Байкал, и как итог всему – дальнейшее понижение извечного уровня озера вплоть до окончательной остановки работы Иркутской, Братской и Усть-Илимской ГЭС на Ангаре из-за растущего дефицита накапливаемой воды. Эти негативные процессы стали «нормой» уже в наши дни, ухудшая общую экономическую ситуацию в Восточной Сибири, Республики Бурятии и Забайкальском крае. В ближайшем будущем Байкал в южной половине акватории станет незамерзающим, а в его флоре и фауне исчезнут некоторые холодолюбивые виды. В реке Хилок, к примеру, уже который год стали водиться неизвестно откуда появившиеся раки, а в других реках и озерах – тропические рыбы-пираньи. На суше возросла популяция змей, в том числе таких теплолюбивых обитателей жарких пустынь, как гремучие ядовитые щитомордники, которых мы раньше замечали только вблизи горячих термальных ключей. Обитателями наших болот стали такие типичные для южных островов на океанских просторах диковинные птицы, как фламинго. Стали опасными для купания прибрежные пляжи Японского моря у Владивостока из-за появившихся там тропических акул-людоедов и смертоносных медуз, и уже есть первые десятки пострадавших от них людей.

Экологи Забайкалья давно бьют тревогу по поводу пересыхания местных водоемов. Ведущийся ежегодный мониторинг Министерством природы Бурятии выявил исчезновение 10 тысяч малых рек, озер и болот, сокращение стока реки Уды на 40, а Селенги – на 30 процентов. По этой причине прекратила деятельность создаваемая годами дорогостоящая система гидромелиорации засушливых земель, отчего оказались заброшенными сотни тысяч гектаров пахотных земель на слабых песчаных почвах. Нечем стало тушить учащающиеся лесные пожары, губящие колоссальные площади «зеленых легких» региона и планеты. Исправлению ситуации не помогает даже личное участие начальника МЧС и лично Президента РФ В.В.Путина. Теперь для борьбы со стихией привлекают и военные подразделения с их боевой техникой.

Согласно многолетним наблюдениям, в ХХ столетии потепление регионального климата в Прибайкалье вдвое превышало общемировое значение, и в среднем составляло 1,2 градуса Цельсия. Но более интенсивно это происходило почему-то зимой и весной (до 2,2 и 1,4 градусов соответственно), когда на Байкале лежит лед. Любители загаров получают редкую возможность принимать на льду солнечные ванны. Были и некоторые циклы временного похолодания в период с 1896 по 1911 года, но затем с 1912 по 1990 годы опять начался период неуклонного потепления климата. С 2000 года этот процесс заметно усилился. Даже в открытой части акватории озера температура воды достигает летом +18—20 градусов, что сравнимо с температурой воды в субтропических поясах планеты. Это привело к потеплению верхнего, так называемого «деятельного» слоя акватории до глубины 200 – 300 метров. Сегодня есть данные, что по мере снижения уровня Байкала этот процесс пошел еще глубже.

Наиболее заметные изменения обнаруживаются в ледовом режиме Байкала. В ХХ столетии продолжительность зимнего ледостава в южной половине озера сократилась на 18 суток в результате «запаздывания» сроков замерзания (на 11 суток) и более раннего вскрытия ледового покрова (на 7 суток). За период с 1949 по 2000 годы толщина льда порою уменьшалась на 2,4 сантиметра в год. Так что Байкал уже несколько десятилетий всё позже замерзает и всё раньше тает.