В мае 1591 г. в Россию прибыл Тырновский митрополит Дионисий с грамотой, в которой сообщалось, что за Русским Патриархом были признаны права Предстоятеля автокефальной Церкви. В составе посольства находился настоятель Свято-Пантелеимоновского монастыря архимандрит Неофит. Уезжая из России, он получил щедрую милостыню, царь Федор Иоаннович дал о. Неофиту жалованную грамоту, в которой подтвердил право старцев монастыря на беспошлинный проезд в Москву за милостыней. 4 февраля 1592 г. была отправлена царская грамота к проту Святой Горы и средства на строительство келлий и церкви Руссика. Царь пожаловал «рухлядью да ризы и стихарь» на 500 рублей с обещанием впоследствии при успешном строительстве прислать «больше того»[41].

Начало XVII в. было тяжелым временем как для Российского государства, переживавшего эпоху междоусобных раздоров, так и для Свято-Пантелеимоновской обители. «Смутное время» на несколько десятилетий фактически прервало связи Афона с Россией, и только в 1626 г. в Москву прибыл игумен Мелетий, жаловавшийся, что «наш монастырь, нарицаемый Русский», впал в большие долги и заложил все свое имущество. В последующие десятилетия XVII в. настоятели Руссика неоднократно приезжали в Москву за милостыней: в 1636 г. – игумен Иоанн, в 1642 г. – игумен Григорий с келарем Христофором и несколькими иноками, в 1660 г. – игумен Дионисий с братией, в 1690 г. – игумен Даниил с братией. В 1677 г. братия Руссика была вынуждена продать епископу Иерисскому Христофору свою арсану (пристань), на которой епископ устроил небольшой монастырь. Затем эта пристань опять вернулась во владение Руссика, и на этом месте впоследствии был построен новый монастырь св. вмч. Пантелеймона[42].

В первой половине XVII в. большинство насельников Руссика, вероятно, составляли греки. Об этом свидетельствует, в частности, храмозданная надпись 1619 г. монастырского собора, выполненная только по-гречески. Число братии в обители в 1661 г. составляло 120 человек, в 1677 г. – 200. В целом же в XVII-XVIII вв. выходцы из Украины и Белоруссии преобладали среди восточнославянских монахов Афона, на это, в частности, указывает большое число киевских, львовских и черниговских изданий того времени в славянских книжных собраниях Святой Горы, заметно превосходящее продукцию великорусских типографий[43].

К концу XVII в. Свято-Пантелеимоновский монастырь снова пришел в запустение из-за Русско-турецкой войны 1686-1700 гг. и связанными с ней препятствиями в поступлении новых иноков и оказании обители материальной помощи из России. В 1705 г. Константинопольский Патриарх Гавриил III вновь передал монастырь русским инокам во главе с уроженцем Новгорода архимандритом Варлаамом, перу которого принадлежал помянник, написанный им на украинском языке в 1705 г.[44] Одновременно было облегчено пребывание на Святой Горе паломников из России. Отец Варлаам энергично принялся за восстановление обедневшей обители. По его словам, все святогорские отцы, с благословения Константинопольского Патриарха Гавриила «советовавше с собою», решили, чтобы между разными греческими и болгарскими афонскими монастырями был один русский, «в котором бы могли находить приют все русские странники и богомольцы, для которых пребывание в греческих монастырях, по незнанию греческого языка, было во многих отношениях неудобно и затруднительно»[45].

Чтобы добыть средства на восстановление монастыря, игумен Варлаам в 1707 г. с жалованной грамотой отправился в Москву, где сообщил царю Петру I, что «вся братия в Пантелеймоновском монастыре исключительно теперь русская, но сам монастырь обретается в великой скудости и сосудов и риз построить и книг на что купить не имеется». Ему были выданы из царской казны щедрые пожертвования для монастыря, в том числе книги. В 1712 г. игумен Варлаам повторно приезжал в Москву и снова получил для монастыря все необходимое