Когда в 1509 г. трое старцев Руссика посетили великого князя Василия III, он даровал русской обители не только богатые дары, но и грамоту с обещанием «дозирать монастырь и помогать милостыней, как в предыдущие времена». В том же году великий князь не только подтвердил свое ктиторство по отношению к Руссику, но и покровительство Афону в целом. В отдельной грамоте Василий III известил прота Святой Горы Паисия о разрешении посылать афонских иноков для сбора пожертвований в своих владениях, братия же Свято-Пантелеимоновского монастыря получила привилегию посылать старцев за милостыней к великому князю. С этого времени приезды монастырских посольств на Русь стали регулярными. Так, в 1515 г. с грамотами к митрополиту Варлааму и великому князю из Свято-Пантелеимоновского монастыря прибыли монахи Савва, Пахомий и Матфей. На посланные с ними средства была построена часть монастырской ограды. Прибывшие в 1547 г. в Москву иноки Руссика Савва, Сильвестр, Герасим и Роман получили окружное послание митрополита Московского свт. Макария к его пастве о сборе милостыни для их обители[36].

Щедрую помощь Руссику предоставлял царь Иоанн IV Грозный (1530-1584). В первые годы его правления в Москве побывали посольства Свято-Пантелеимоновского и Хиландарского монастырей с жалобами на притеснения турецкого султана. В 1550 г. царь направил грамоту султану с просьбой защитить монастыри от насильников. В мае 1554 г. в Москву для сбора милостыни приезжал старец Руссика о. Евфимий. Помимо царских пожалований монастырские посольства увозили с собой вклады, дававшиеся придворными и столичным духовенством. Так, в 1556 г. боярин М. Я. Морозов вложил в Свято-Пантелеимоновский монастырь Книгу 16 пророков с толкованиями. При этом через Руссик оказывалась поддержка и другим святогорским обителям. О высокой репутации Свято-Пантелеимоновского монастыря как ученого центра свидетельствует следующий факт: в 1551 г. Иоанн IV послал с турецким послом А. Халкокондилом юношу О. М. Грекова к Константинопольскому Патриарху учиться греческому языку отметив: «Если же у патриарха учиться неудобно, то послал бы его в наш монастырь афонский святого Пантелеймона»[37].

В XVI в. численность иноков Руссика существенно колебалась и составляла в 1489 г. (или 1517/18 г.) 120 человек, в 1530/31 г. – 25, а в 1561 г. – 170 (по другим сведениям, более 190 человек «всей братии»), что свидетельствовало о широких масштабах монастырской жизни. При этом до XVII в. русские иноки, жившие на Афоне в скитах и келлиях греческих монастырей, были более многочисленными, чем русские насельники обители св. вмч. Пантелеймона[38].

В Свято-Пантелеимоновский монастырь поступали из России не только материальные пожертвования, но также и книжные дары. Одно из таких поступлений в библиотеку русской обители связано с именем известного переписчика книг – греческого иеромонаха Матфея (1550-1624), протосинкела Великой церкви, впоследствии митрополита Миры Ликийской. Иеромонах Матфей находился в Москве с 1596-го по 1597 гг., занимаясь в том числе книгописанием. В царствование Иоанна Грозного дальнейшее развитие получил интерес к афонским уставам и образу жизни святогорских монахов. В частности, в 1560 г. игумен Руссика Иоаким, проживший в Москве около двух лет, по просьбе митрополита Макария написал сочинение, посвященное описанию жизни различных категорий афонских насельников[39].

При этом экономическое положение Свято-Пантелеимоновского монастыря в XVI в., несмотря на значительные пожертвования, получаемые из Москвы, было тяжелым. Руссик долго не мог оправиться от последствий сильных землетрясений (1500, 1552, 1560, 1572 и 1585 гг.) и восстановить разрушенные строения и оборонительные сооружения, необходимые для защиты от набегов пиратов и разбойников. В 1568/69 г. монастырь после уплаты турецким властям огромного выкупа за конфискованные земельные угодья вынужден был заложить все свои метохи и даже церковную казну. В результате Руссик временно был закрыт, а его насельники разбрелись по окрестным скитам и келлиям. В 1583 г. афонский Кинот обратился к царю Иоанну IV с просьбой возобновить и обустроить обитель. Однако послание совпало по времени со смертью царя Иоанна Грозного, кроме того, российская казна была истощена длительной неудачной Ливонской войной. Правда, в 1584 г. с богатыми царскими дарами на Афон был послан Иван Мешенинов, составивший описание Святой Горы