§ 2 был посвящен положению Башкирии в составе Русского государства во второй половине XVI – первой половине XVII в. Ссылаясь на статью Чулошникова, Устюгов писал, что Башкирия была завоевана московским царем, а башкирские выступления второй половины XVI в. являлись борьбой против завоевателей. Но уже при объяснении причин башкирских выступлений начала XVII в. он отходил от взглядов Чулошникова. Если Чулошников объяснял восстания дальнейшим наступлением русских колонизаторов на Башкирию, то Устюгов связывал их со слабостью центральной власти в годы Смутного времени и ослаблением ее внимания к окраинам[212].

В § 3 Устюгов рассматривал непосредственные причины башкирских восстаний 1662–1665 и 1676–1682 гг. Как и Чулошников, он называл причинами восстаний захваты башкирских земель и заселение их русскими, обременение башкир ясаком и злоупотребления местной администрации. Но кроме этого Устюгов указывал еще одну причину, которая не укладывалась в созданную Чулошниковым картину восстаний как революционной борьбы башкирского народа. Он подчеркивал руководящую роль феодалов в подготовке башкирских выступлений и, указывая на причины их недовольства, приводил цитату из работы Н. А. Фирсова «Положение инородцев Северо-Восточной России в Московском государстве». В этом труде Фирсов писал, что многие представители аристократии ханств, возникших после распада Золотой Орды, не желали превращаться в слуг московских государей и стремились восстановить свое прежнее положение наследственных родовитых властелинов «черных людей»[213].

Большая часть исследования Устюгова, включавшая параграфы с четвертого по десятый, была посвящена рассмотрению башкирского восстания 1662–1665 гг. В § 4 Устюгов рассматривал подготовку данного восстания. Он называл его организационными центрами Крымское ханство и царевичей Кучумовичей, кочевавших в южносибирских степях. Тезис об организующей роли Крымского ханства в башкирском восстании опирался на донесение калмыцкого тайши Мончака к астраханскому воеводе кн. Г. С. Куракину и расспросные речи переводчика Карая Рахимгулова, направленного уфимским воеводой к восставшим башкирам в 1663 г. В них говорилось о том, что башкиры отправляли послов к крымскому хану, правда, не сообщалось о согласии хана оказать помощь башкирскому восстанию. Кроме этого, Устюгов использовал донесение уральского крестьянина, приводившееся в отписке тобольского воеводы, в котором говорилось, что восстание началось «по сговору с крымским царем», и сообщение пленного татарина о том, что восставшие ожидают подхода крымских войск[214]. Руководящая роль царевичей-Кучумовичей подтверждалась многочисленными документами об их личном участии в восстании, опубликованными в Дополнениях к актам историческим (далее ДАИ) и «Материалах по истории Башкирской АССР»[215]. Устюгов указывал, что в зауральской Башкирии его организаторами являлись так называемые «выходцы», вернувшиеся в русские владения из кочевий Кучумовичей, среди которых выделялся знатный башкир Сары Мергень[216]. Именно восстановление Сибирского ханства являлось, по словам Устюгова, главной целью восстания. Также он отмечал, что восставшие рассчитывали на получение военной помощи от калмыков, кочевавших возле русских границ.

В пятом и шестом параграфах он описывал действия восставших башкир в 1662 г. Разделение на параграфы проводилось в данном случае по географическому признаку: в § 5 описывался ход восстания в Приуралье, а в § 6 – в Зауралье. Излагая ход восстания, Устюгов подробно описывал разорение повстанцами русских слобод и деревень, что резко контрастировало с работой Чулошникова, акцентировавшего жестокость царских карателей и лишь кратко упоминавшего о нападениях башкир на русские поселения