В 1934 г. в Историко-археографическом институте АН СССР (далее ИАИ АН СССР), находившемся в Ленинграде, была создана московская группа, целями которой являлись поиск и публикация документов московских архивов[145]. В мае того же года Устюгов начал работать в этой группе по договору[146]. Начиная работу, он выражал надежду, что отныне ему удастся посвящать больше времени изучению вольных хлебопашцев, но эти планы не реализовались[147]. Осенью 1934 г. он опубликовал небольшую рецензию на книгу ленинградского историка В. Н. Кашина «Крепостные крестьяне-землевладельцы накануне реформы», где высоко оценил его выводы о социальном расслоении крестьянства накануне отмены крепостного права и зарождении сельской буржуазии[148]. После выхода этой рецензии в его исследованиях по истории XIX в. наступил долгий перерыв. Отныне в центре исследовательских интересов Устюгова оказалась русская история XVII–XVIII вв.

Бригада, в которой работал Устюгов, готовила публикацию документов по истории ремесленного труда и форм найма в России XVII в. При этом следует отметить, что еще с 1920-х гг. понятие «история труда» заменяло в советской историографии понятие «экономическая история»[149]. Подготовка данного издания было начата по инициативе С. Б. Веселовского и А. Н. Штрауха, выступивших с идеей публикации документов по истории городских и сельских низов Русского государства XVI–XVII вв. Во главе бригады, занимавшейся подготовкой сборника, встал один из ближайших товарищей Устюгова – А. Н. Сперанский, познакомившийся с ним на домашних семинарах Бахрушина во второй половине 1920-х гг.[150] Сперанский сформулировал требования, которые легли в основу работы составителей сборника: обязательное ознакомление со всеми делами намеченных фондов, полистный просмотр относящихся к теме единиц хранения, исчерпывающее выявление и учет содержащихся в них документов. По его мнению, только соблюдение этих условий могло избавить будущую серию от превращения в публикацию случайных находок и иллюстраций к априорным утверждениям[151].

Устюгов вместе со Сперанским и В. И. Шунковым принял участие в просмотре наиболее обширного из намеченных фондов – фонда Приказных дел старых лет Государственного архива феодально-крепостнической эпохи (далее ГАФКЭ), содержавшего в основном делопроизводство Новгородской и Устюжской четвертей. Однако вскоре после начала работы над сборником ему пришлось столкнуться с затруднениями на основном месте работы – в библиотеке Политехнического музея. 2 февраля 1935 г. ему был объявлен строгий выговор с предупреждением за недостаточный контроль за включением книг в фонды библиотеки. Через три дня, 5 февраля, он написал заявление об увольнении по собственному желанию, а 1 апреля 1935 г. был зачислен в штат ИАИ на должность научного сотрудника первого разряда с ежемесячным окладом в 300 рублей[152]. В феврале 1936 г. на основе ИАИ АН СССР и Института истории Комакадемии был создан Институт истории АН СССР, находившийся в Москве. Московская группа ИАИ была преобразована в археографический сектор нового института, при этом оклад Устюгова был повышен до 350 рублей[153].

В новом институте поначалу доминировали историки-коммунисты, принадлежавшие к «красной профессуре». Его директором до 1937 г. являлся Н. М. Лукин, возглавлявший ранее одноименный институт в составе Комакадемии. Археографический сектор, где работал Устюгов, являлся для института, по воспоминаниям одной из его сотрудниц, Е. Н. Кушевой, «инородным телом», поскольку в его составе не было ни одного члена партии и в нём не велись исследования по новейшей истории