Следующий за Порфирием игумен преподобный Арсений Сахарусов управлял Троицкой обителью всего два года, после чего из любви к безмолвию удалился в вологодские леса, где основал два монастыря [28, с. 136].

С 1529 по 1539 г. игуменом Троицким был Иоасаф (Скрипицын). Он крестил двух сыновей Василия III, а спустя некоторое время участвовал в постриге самого великого князя, очень чтившего Преподобного Сергия и основанный им Троицкий монастырь. Это видно из слов великого князя, когда в конце жизни он, беспокоясь за судьбу малолетнего сына, сказал игумену Иоасафу: «Помолись, отец, о земном строении и о сыне моем Иоанне, и о моем согрешении: дал Бог и великий чудотворец Сергий мне вашим молением и прошением сына Ивана; я крестил его у чудотворца, вручил его чудотворцу и на раку чудотворцеву его положил, вам сына своего на руки отдал; так молите Бога, Пречистую Его Матерь и великих чудотворцев о Иване, сыне моем, и о жене горемычной». Далее великий князь просил Иоасафа быть при нем до конца: «А ты, игумен, прочь не езди, из города вон не выезжай» [99, с. 356].

Опасения Василия III были не напрасны. После его смерти (1533) при малолетнем Иоанне IV начался период безначалия, различных злоупотреблений и злодеяний, которыми особо отличались Шуйские. В это трудное время Русскую Церковь возглавил митрополит Иоасаф, бывший Троицкий игумен. Князь Иоанн Шуйский надеялся видеть в нем своего сторонника, но ошибся. Новый первосвятитель испросил свободу заточенному князю Ивану Федоровичу Бельскому, который сумел остановить грабежи и насилия. Благодаря ходатайству митрополита Иоасафа были освобождены из заключения еще несколько человек. Но Шуйские, недовольные таким положением дел, схватили Бельского и сослали в Белоозеро, где он был умерщвлен в 1542 г. Дети боярские и новгородцы, подстрекаемые Шуйскими, чуть не убили митрополита Иоасафа, который бежал от них в Троицкое подворье. И только Троицкий игумен Алексий удержал их именем святого Сергия от убийства. Впоследствии митрополит Иоасаф был сослан в Кирилло-Белозерский монастырь и оттуда переведен в Троицкий, где мирно почил 27 июля 1555 г. [107, с. 10].

В 1549 г. игуменом Троице-Сергиева монастыря был поставлен Серапион II (Курцев). Ему довелось участвовать в деяниях Стоглавого Собора, который состоялся в 1551 г. На Соборе обсуждались различные проблемы церковной и гражданской жизни Русского государства, в их числе – вопрос о русских пленных, захваченных татарами. Дело в том, что на протяжении столетий татары при каждом удобном случае нападали на русские земли, грабили города и села и уводили с собой в степи тысячи пленников, которых продавали в Турцию и другие восточные страны. Страдания русских людей, лишенных своей Родины и свободы, еще более увеличивались тем, что они не имели возможности посещать православные храмы, принимать Святые Таинства и открыто исповедовать свою веру во Христа. Чтобы спасти и вернуть домой этих несчастных, Стоглавый Собор постановил выкупать их, для чего был введен особый налог, разложенный по сохам на все население. Решения Собора были направлены на рассмотрение в Троице-Сергиев монастырь к пребывавшему там на покое митрополиту Иоасафу и соборным старцам. Утвердив с небольшими дополнениями все статьи Собора, троицкая братия дала свой замечательный ответ по вопросу о выкупе пленных. Обращаясь к царю, они предлагали: «Окуп (то есть налог. – А.Л.) брать не с сох, а с архиереев и монастырей. Крестьянам, царь государь, и так много тягости; в своих податях, государь, покажи им милость» [100, с. 98]. В этом ответе кроме чувства любви к страждущим в плену соотечественникам видно желание братии Троицкого монастыря облегчить положение обремененного податями русского крестьянства.