Дзержинский не был патологическим садистом, каким его часто изображают, кровопийцей, который наслаждался мучениями своих узников. Но уж очень быстро он привык к тому, что вправе лишать людей жизни. 2 августа 1921 года, уже после окончания Гражданской войны, приказал начальнику Всеукраинской ЧК Василию Манцеву:

«Ввиду интервенционистских подготовлений Антанты необходимо арестованных петлюровцев-заговорщиков возможно скорее и больше уничтожить. Надо их расстрелять. Процессами не стоит увлекаться. Время уйдёт, и они будут для контрреволюции спасены. Поднимутся разговоры об амнистии и так далее. Прошу Вас вопрос этот решить до Вашего отпуска…»

Иначе говоря, Дзержинский приказал казнить людей без суда и следствия, понимая, что этих людей вообще могут амнистировать! Феликс Эдмундович твёрдо был уверен, что уж он-то справедлив и зря никого не накажет. Наверное, не думал о том, что, присвоив себе право казнить и миловать и позволив другим чекистам выносить смертные приговоры, он создал систему полной несправедливости.

Во главе «карательного аппарата» ВЧК Дзержинский стал не только борцом с «белым террором», но и «спасителем» Республики Советов от разрухи. Благодаря его неистовой деятельности во главе ВЧК было восстановлено более 2000 мостов, почти 2,5 тыс. паровозов и 10 тысяч километров железной дороги.

Также Дзержинский лично отправился в Сибирь, которая на момент 1919 года была самым урожайным хлебным регионом, и проконтролировал заготовку продуктов, что позволило поставить в голодающие районы страны порядка 40 млн тонн хлеба и 3,5 млн тонн мяса.

Глава ВЧК также взялся за спасение молодого поколения России – он возглавил «детскую комиссию», которая помогла основать на местах сотни трудовых коммун и детских домов, которые были преобразованы из отобранных у богачей загородных домов и особняков.

Во время советско-польской войны 1920 года Дзержинский был членом Временного революционного комитета (ВРК) Польши в Белостоке.

Некоторые руководители партии и государства полагали, что после Гражданской войны чрезвычайщина не нужна, от услуг чекистов можно отказаться, а преступниками займутся милиция и прокуратура. Дзержинский нервничал, опасался, что созданное им ведомство распустят. Писал своему заместителю Вячеславу Менжинскому:

«Нам необходимо пересмотреть нашу практику, наши методы и устранить всё то, что может питать такие настроения. Это значит, мы должны, может быть, стать потише, скромнее, прибегать к обыскам и арестам более осторожно, с более доказательными данными; некоторые категории арестов (нэпманство, преступления по должностям) ограничить… Необходимо обратить внимание на борьбу за популярность среди крестьян, организуя им помощь в борьбе с хулиганством и другими преступлениями».

Руководитель Наркомата юстиции Николай Крыленко обратился в политбюро: «ВЧК страшен беспощадностью своей репрессии и полной непроницаемостью для чьего бы то ни было взгляда». Он бил тревогу: чекисты не передают дела арестованных в суд, а выносят приговоры внесудебным путём – через особое совещание и «судебную тройку». Крыленко предлагал ограничить строго и жёстко права ГПУ на внесудебный разбор дел, следствие поставить под контроль прокуратуры.

Дзержинский отверг предложения Крыленко: ведомство госбезопасности не правосудие осуществляет, а уничтожает политических врагов. Главный чекист возмущался: «Практика и теория наркомата юстиции ничего общего с государством диктатуры пролетариата не имеют, а составляют либеральную жвачку буржуазного лицемерия. Во главе прокуратуры должны быть борцы за победу революции, а не люди статей и параграфов. Я уверен, что наркомат юстиции растлевает революцию».