В июле 1905 года на Варшавской партийной конференции Дзержинский был арестован и заключён в Варшавскую цитадель, в октябре освобождён по амнистии.
В 1906 году он был делегатом 4‐го съезда РСДРП, на котором впервые встретился с Владимиром Лениным и был введён в состав ЦК РСДРП как представитель СДКП и Л.
В 1906–1917 годах Дзержинский неоднократно арестовывался, заболел туберкулёзом. Был три раза в ссылке. С того момента, как в 17 лет он пришёл в революционную деятельность, на свободе почти не был. Шесть лет провёл на каторге и пять в ссылке. Иногда в кандалах. Иногда в одиночке. Иногда в лазарете. Жандармы предлагали свободу в обмен на сотрудничество – отказывался. Готов был к худшему. Явно не отрёкся бы от своей веры и перед эшафотом.
Он полагал, что нет оснований быть снисходительным к тем, кто держал его и его единомышленников на каторге. В борьбе не на жизнь, а на смерть он не считал себя связанным какими-то нормами морали.
Он сидел бы в тюрьмах вечно, но его, как и других политических заключённых, освободила Февральская революция. Он вошёл в состав Московского комитета РСДРП (б).
Летом 1917 года Дзержинский, находясь на лечении, заочно был избран во ВЦИК.
Член президиума ВЦИК. С декабря 1917 года по февраль 1922 года был председателем Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК), ГПУ и ОГПУ. Один из организаторов «красного террора». За твёрдость характера, доходящую до жестокости, его называли «Железный Феликс».
Его считали аскетом, поражались его целеустремлённости и принципиальности. Был у него очевидный интерес к следственной работе и испепеляющая ненависть к предателям.
Дзержинский считается непрофессионалом, но это он ввёл внутрикамерную «разработку» заключённых. К ним подсаживали агентов, которые выведывали то, о чём на допросах арестованные не говорили. Этому он научился у царских жандармов. Когда он сидел в тюрьме, провокаторы его возмущали. Когда сам стал сажать, мнение изменилось.
Настоящего расследования не проводили – для этого не было ни времени, ни умения, поэтому от следователя требовалось одно – добиться признания. Доносчиков, осведомителей, секретных агентов ценили как главный инструмент следствия.
ВЧК большевики создавали для того, чтобы расправиться с армией чиновников, которые бойкотировали новую власть и саботировали распоряжения Совета народных комиссаров. Но руководители партии быстро поняли цену органам госбезопасности как важнейшему инструменту контроля над страной.
Дзержинский потребовал права самостоятельно уничтожать врагов: «Право расстрела для ЧК чрезвычайно важно». 21 февраля 1918 года Совнарком утвердил декрет «Социалистическое Отечество в опасности!». Он грозил расстрелом как внесудебной мерой наказания «неприятельским агентам, германским шпионам, контрреволюционным агитаторам, спекулянтам, громилам, хулиганам».
Важно отметить эту формулировку: внесудебная мера наказания! Принцип: политическая целесообразность важнее норм права. И чекисты по всей стране без суда ставили к стенке тех, кого считали «врагами народа и революции». Попутно массово уничтожали и заложников, на которых никакой вины и вовсе не было.
Дзержинский заложил основы кадровой политики в ведомстве госбезопасности, назвав главным критерием преданность власти. Объяснял управляющему делами ВЧК Генриху Ягоде: «Если приходится выбирать между, безусловно, нашим человеком, но не особенно способным, и не совсем нашим, но очень способным, у нас, в ЧК, необходимо оставить первого…»
В учётной карточке председателя петроградской ЧК Семёна Лобова в графе «Образование» было написано: «Не учился, но пишет и читает». Неграмотность не мешала его успешной карьере. Лобов пошёл в гору после того, как в одну ночь арестовал в Петрограде 3 тысячи человек.