Согласно официальной советской историографии, решение было принято исполкомом Уралоблсовета, и центральное советское руководство узнало об этом уже после случившегося. В 90-е годы появилась версия, что решение было принято Центром, а местные власти взяли ответственность на себя, чтобы создать московскому руководству политическое алиби. Первая версия, о самовольном решении Уралоблсовета, представляется более обоснованной, чем вторая. Установлено, что большевистское руководство действительно обсуждало судьбу Николая II и планировало суд над ним в Москве, однако речь об убийстве остальных членов семьи официально не велась. Вместе с этим партийные организации Урала, опасавшиеся возможности освобождения Николая II, выступали за его немедленный расстрел, а также за «уничтожение всего семейства и родственников бывшего царя». На этом же настаивал прибывший 4 июля 1918 года в Москву уральский военный комиссар Ф.И.Голощёкин. Не получив на это санкции, по возвращении на Урал, вечером 14 июля, Голощёкин и остальные члены исполкома Уралсовета приняли решение о невозможности дожидаться суда над бывшим императором, о чём сообщили в Москву. Ответ центрального руководства на эту телеграмму в архивах не обнаружен.

Казнь Романовых засекретили. И придумали повод: царская семья от слуг прознала о наступлении белых и разработала план побега. Последним пристанищем стал дом купца Ипатьева в Екатеринбурге. За пару недель до гибели здесь сменилась охрана: новым комендантом назначили Якова Юровского. Именно он вместе с Петром Ермаковым, Михаилом Медведевым (Кудриным) и Петром Медведевым обсуждали, кого и как казнить. Сначала думали только про Романовых – но один вспомнил, как кто-то из прислуги передавал узникам письма из внешнего мира. В итоге решили убить всех семерых членов семьи и четырёх слуг: врача Евгения Боткина, повара Ивана Харитонова, лакея Алексея Труппа и горничную Анну Демидову. Лишь одиннадцатилетнего поварёнка Лёню Седнева пощадили. Накануне казни тот, по воспоминаниям царицы Александры Фёдоровны, «неожиданно исчез». Как стало известно из новых материалов, надзиратели вывезли его якобы к дяде. А на самом деле отдали в детдом.

И, оказывается, палачи долго выбирали способ убийства Романовых. Например, предлагали закидать бомбами – «так надёжнее». Но начальник охраны возразил: сверху приказали сделать всё по-тихому. По этой же причине отмели и другой вариант – расстрелять, пока все в доме спят. Надзиратели боялись, что соседи услышат выстрелы.

Из воспоминаний Виктора Нетребина, участника казни: «В Дом особого назначения приехали ещё два товарища для помощи внутреннему караулу. Мы все снова собрались для окончательного обсуждения предварительной подготовки ликвидации Романовых. Тут же выяснилось, что казнь нужно проводить этой ночью при помощи расстрела из наганов в нижнем, полуподвальном этаже».

Тогда же, вечером 16 июля, определили состав расстрельной команды. Юровский отобрал на дело «латышей» – так называли надзирателей из внешнего периметра охраны. Речь о двух прибалтах, венгре и четырёх русских. Тем самым убийство царской семьи не было исключительно «делом рук евреев» – этот антисемитский миф активно тиражировали на протяжении десятилетий.

Однако большинство «латышей», узнав про то, что им предстоит убить дочерей царя, отказались. «Ну, может быть, девушки… знаете, проявляли такую любезность, улыбки расточали этим постовым, и у них создалось такое впечатление, что им… Короче, струсили, я думаю, просто, чего там говорить», – расскажет спустя годы один из палачей Григорий Никулин.