О том, что Ленин не контролировал ситуацию в Екатеринбурге, свидетельствует планомерное истребление на Урале его родственников Ардашевых, проводившееся местным ЧК под руководством Якова Юровского. Таким образом, убийства родственников Ленина проводились теми же людьми, что участвовали в убийстве царской семьи, и они были людьми Свердлова. Если, уничтожая родственников Ленина, они делали это в тайне, они могли точно так же скрывать от него подготовку убийства царской семьи.

Слухи о предстоящем вывозе государя активно распространялись и среди городской верхушки. Так, водитель ЧК А.И.Руденков, который возил в Ипатьевский дом высокопоставленных чекистов, за два дня до убийства царской семьи вместе со своей сестрой Л.Ф.Лоскутовой видел, как из ворот дома вышел бронированный автомобиль. Руденков пояснил сестре, что на этом броневике вывозят «у императора вещи, а потом увезут и самого императора». При этом Руденков выразил предположение, что государя «отправят в Германию, так как большевики за него взяли у немецкого короля много денег, и король взял его себе на поруки». Екатеринбургский парикмахер Ф.И.Иванов сообщил следствию, что за день-два до убийства царской семьи он стриг комиссара станции Екатеринбург Гуляева. В ходе беседы тот сказал: «Сегодня отправляем Николая».

История принятия решения об убийстве царской семьи до сих пор не до конца выяснена. Было ясно, что возвращение к монархии в России вряд ли возможно, особенно в среднесрочной перспективе. Но столь жестокого убийства никто в России не ждал. Ранее большевики планировали провести открытый судебный процесс над Николаем Вторым – чтобы подвести символическую черту под эпохой царизма в России. За проведение такого процесса, в частности, выступал Троцкий. Ленин, в свою очередь, опасался, что Романовы все ещё любимы в народе, а потому суд может принести совсем не те плоды, которых большевикам хотелось бы. Ленин посчитал, что в условиях Гражданской войны будет целесообразнее втайне убить всю семью и хранить молчание об этом как можно дольше. По другой версии, Ленин продвигал идею всенародного суда, который окончится смертным приговором. Вождь планировал сделать процесс максимально публичным в пропагандистских целях. Обвинителем должен был выступить сам Лев Троцкий, на тот момент самый популярный и авторитетный из политбюро.

Однако отцы революции не учли одного: к столице Урала быстро продвигались чехословацкие корпуса белогвардейцев. К началу июля 1918-го стало ясно, что город вот-вот возьмут. Уральский облисполком закидывал центр телеграммами только с одним вопросом: «Что делать с царём?»

На местах не хотели самостоятельно решать судьбу столь значимой фигуры. В Москве тоже никто не брал на себя ответственность, опасаясь народной мести.

Ночью 17 июля 1918 года из Екатеринбурга почему-то через председателя Петроградского совета Григория Зиновьева на имя Ленина и Свердлова была послана телеграмма, в которой сообщалось: «Условленного с Филипповым [Голощёкиным] суда по военным обстоятельствам не терпит отлагательства. Ждать не можем. Если ваши мнения противоположны, сейчас же вне всякой очереди сообщить. Голощёкин, Сафаров. Снеситесь по этому поводу сами с Екатеринбургом. Зиновьев».

Из воспоминаний революционера Павла Быкова: «Товарищ Свердлов решил вопрос без формального народного суда, предложив расстрелять Романова в Екатеринбурге, потому что знал, как говорил Ленин, что не только сотни и тысячи передовых рабочих, но и массы сочтут это решение за окончательное. Так оно и было».

Официального приказа об убийстве, по сути, не поступило. Из представленных СК архивов следует, что центр даже раздумывал, как «отмыться»: мол, это самодеятельность на Урале. Но свидетельства очевидцев сходятся: на самом деле политбюро было в курсе.