Император Петр III не только вызволил политического беженца из невольной зарубежной ссылки, но своим именным указом назначил Ивана Ивановича Бецкого главным директором Канцелярии строений и домов его величества. После государственного переворота 28 июня 1762 г. и воцарения на троне Екатерины II Иван Иванович вновь становится приближенным ко двору новой императрицы. Столь быстрый и высокий карьерный взлет Бецкого служит поводом для появления в высших аристократических кругах столицы самых невероятных слухов, сплетен и предположений. На свое счастье или, может быть, беду, Иван Иванович оказался довольно близким знакомым матери новой русской императрицы, да к тому же многие отмечали разительное внешнее сходство Бецкого с Екатериной Алексеевной. В салонах Петербурга пошли невероятные пересуды об истинном отце новой императрицы, которая своим указом 3 марта 1763 г. назначила действительного тайного советника И.И. Бецкого управляющим Академией художеств.

Однако Бецкой, в отличие от фаворитов императрицы, не воспользовался ее доброжелательным отношением к своей персоне. Он не встревал в государственные дела и политические проблемы, а занимался важными социальными делами, проблемами совершенствования учебного образования и воспитания молодежи, совмещая эту ответственную деятельность с работой руководителя «Канцелярии строений и домов».

По распоряжению Екатерины II, Бецкой в 1768 г. назначается главным руководителем работ по перестройке и отделке Зимнего дворца. В том же году, 15 мая, императрица «изустно повелела» И.И. Бецкому: «На площади, между Невой, Адмиралтейством и домом Правительствующего сената, во славу блаженные памяти императора Петра Великого поставить монумент».

Идея о постановке памятника Петру I у императрицы зародилась еще в 1765 г., когда она приказала русскому посланнику в Париже, князю Голицыну, найти для этого опытного и талантливого ваятеля. Им оказался французский скульптор Этьен Морис Фальконе, создавший в 1766–1778 гг. монумент Петру I («Медный всадник»).

Этой работой И.И. Бецкой добросовестно руководил от периода изыскания годного для постамента камня в Лахте, доставки его в столицу, отливки бронзового монумента и до церемониала открытия памятника на столичной площади 7 августа 1782 г.

Ему также пришлось руководить работами по отделке набережных Невы и столичных каналов гранитом, установке знаменитой уникальной решетки Летнего сада. Руководя Академией художеств, он открыл при ней воспитательное училище. По инициативе И.И. Бецкого в 1764 г. указом Екатерины II в Петербурге создается первое в России специальное женское учебное заведение (Императорское воспитательное общество благородных девиц – Смольный институт).

В 1765 г. указом императрицы И.И. Бецкой назначается шефом Сухопутного шляхетного кадетского корпуса. В 1773 г. по его инициативе на средства богатого заводчика и крупного землевладельца Прокопия Демидова в Петербурге учредили Воспитательное коммерческое училище для купеческих детей.

При поддержке своей покровительницы Екатерины II Бецкой открывает в Петербурге и частично финансирует из своих средств Воспитательный дом, а при нем учреждает вдовью и сохранную казну в основе которой находились его личные сбережения и деньги богатых столичных предпринимателей.

Екатерина II, считавшая себя инициатором в проведении российской образовательной реформы, вначале не только покровительствовала Бецкому в его работе по открытию в столице новых воспитательных учебных заведений и детских приютов, но и щедро финансировала его идеи и планы в этом направлении. Однако затем под влиянием доносов противников своего любимца внезапно охладела к его бурной деятельности и ограничила денежную помощь на реализацию задуманных им планов и дел. Теперь при всяких удобных случаях она могла даже с раздражением заявлять своим приближенным, что «Бецкой присвояет себе славу государскую», иначе говоря, приписывает себе заслуги императрицы в проведении ею воспитательной российской реформы.