Под подозрение попадали целые семьи, роды и, наконец, целые города. Наиболее ярким примером был разгром Новгорода зимой 1570 г. Новгородская летопись утверждает, что некий бродяга Петр подделал грамоту о желании жителей города перейти в подданство к польскому королю. Бродяга спрятал эту грамоту в Софийском соборе и донес о ней Ивану Грозному. Некоторые историки, ссылаясь на архивы, считают, что тайная дипломатия Речи Посполитой намеренно скомпрометировала новгородцев, направив им предложение перейти на польскую сторону. Должностные лица Новгорода поспешили сообщить об этом царю, но лишь разбудили давнее недоверие Ивана Грозного к некогда независимой городской республике.

Так или иначе, но опричное ведомство попалось на чужую удочку. Вместо того чтобы вести войну, опричники в течение трех недель занимались розыском в Новгороде. Замученных горожан волокли из опричного лагеря к реке и спускали под лед. Очевидцы утверждали, что в Новгороде погибло до 60 тыс. человек. В русской историографии назывались различные цифры – от 2–3 тыс. до 10–15 тыс. человек. Во всяком случае, разгром Новгорода был достойным предшественником Варфоломеевской ночи.

Скоро опричники на собственном опыте убедились, как трудно оправдаться от ложных доносов. «Келарь» А.И. Вяземский пользовался таким доверием Ивана Грозного, что царь, опасаясь отравы, только из его рук соглашался принимать лечебные снадобья. Но опричник Г.Д. Ловчиков донес, что Вяземский предупредил новгородцев об опричном походе. Царь тут же распорядился забить палками своего соратника. Такое же подозрение пало на голову одного из инициаторов опричнины, А.Д. Басманова. Его сын Федор, чтобы доказать свою верность, на глазах у царя зарезал отца, но все равно был сослан и погиб. Руководителя опричной думы князя М.Л. Черкасского тайно убили по приказу царя. Василий Грязной попал в опалу. Один лишь Малюта Скуратов, погибший на войне, навсегда остался верным слугой в глазах Ивана Грозного.

В 1572 г. опричнина была упразднена так же неожиданно, как и введена. Под страхом сурового наказания запрещалось употребление самого слова «опричнина». Через три года Иван Грозный вновь реставрировал опричные порядки, но вскоре отказался от них. Опричнина в целом была довольно коротким эпизодом в истории страны, однако печальная память о ней сохранилась надолго. При преемниках Ивана Грозного не существовало ничего похожего на опричное устройство. Для рассмотрения важных дел создавались временные комиссии во главе с боярами. Например, комиссия князя (будущего царя) Василия Шуйского, которая расследовала гибель младшего сына Ивана Грозного, царевича Дмитрия, 15 мая 1591 г. На основе свидетельских показаний комиссия пришла к выводу, что царевич погиб в результате несчастного случая.

Этот вывод вызвал горячие споры и среди современников, и среди потомков. Подозрение пало на самого влиятельного члена Боярской думы – Бориса Годунова. Он был зятем Малюты Скуратова и сделал карьеру еще при опричном дворе. В царствование болезненного и недалекого Федора Иоанновича (1584–1598 гг.) он был подлинным правителем государства. Поскольку у царя Федора Иоанновича не было сыновей, между Борисом Годуновым и троном стоял только царевич Дмитрий. И действительно, после кончины Федора Иоанновича старая династия прервалась, и царем стал Борис Годунов (1598–1605 гг.).

Но Годунову и его ставленникам не удалось прекратить слухи о таинственном деле в Угличе. В конце своего царствования ему пришлось столкнуться с самозванцем, объявившим себя чудесно спасшимся Дмитрием. После смерти Годунова в 1605 г. Лжедмитрий I вступил в Москву. Князь Василий Шуйский объявил, что он дважды покривил душой во время следствия: покрыл убийц, подосланных Годуновым, и утаил, что они убили подставного мальчика, а не царевича. Впрочем, через 11 месяцев Василий Шуйский организовал заговор против Лжедмитрия I и сам вступил на престол. Теперь он объявил, что Лжедмитрий был беглым монахом Гришкой Отрепьевым; что же касается настоящего царевича, то он был убит посланцами Годунова. В царствование Василия Шуйского (1606–1610 гг.) отрок Дмитрий был причислен к лику святых.