Вскоре, в 1872 году отец Николай обрел деятельного помощника – в Хакодат прибыл иеромонах Анатолий (Тихай), кандидат Киевской Духовной Академии. Архимандрит Николай отзывался о нем так: «Лучших помощников я не желал бы!» Благодаря приезду отца Анатолия, архимандрит Николай смог расширить ареал своей проповеди. Он перебирается в Токио, оставив и консульскую церковь, и христианскую общину на отца Анатолия.

В Токио отец Николай поселился в районе Цукидзи. По сравнению с жизнью в консульстве, он оказался в довольно скудных условиях. В Токио отец Николай арендовал небольшую комнату на чердаке. Здесь же и проходили катехизаторские беседы – недостатка в слушателях не было. Напротив, из-за большого количества слушателей беседы приходилось проводить в две смены – утром и вечером.

Помимо непосредственно миссионерской проповеди, отцу Николаю, как начальнику Духовной Миссии, необходимо было позаботиться о многом. В частности, первоочередным делом было строительство православного храма в Токио. Об этом отец Николай неоднократно писал в Россию, и ему удалось заинтересовать этим делом адмирала Евфимия Васильевича Путятина, неоднократно бывавшего в Японии – он взял на себя сбор средств на строительство храма.

Между тем, из Хакодата пришли тревожные вести – там вновь были арестованы ревностные катехизаторы – Павел Савабе и Иоанн Сакаи. В данном случае преследовались не именно православные, а все христиане. В Сендае и Хакодате было арестовано около 120 человек; кроме того по приказу местного губернатора были уволены все чиновники-христиане. Дабы выручить своих духовных чад, архимандрит Николай обратился к правительственным чиновникам, Ивакуре Томоми и Кидо Такаёси. Просьба отца Николая была принята благосклонно и катехизаторов отпустили.

Однако, в связи с этим остро встал вопрос о том, как быть с теми неофитами в Токио, которых отец Николай подготовил к крещению. В случае крещения и они и сам отец Николай также могли подвергнуться гонениям. Решившись, отец Николай все таки крестил тайно двенадцать человек, которых посчитал наиболее надежными и готовыми к принятию святого крещения. Известие о крещении вышло за рамки христианской общины – отец Николай узнал об этом от знакомого жреца. Оказалось, что когда пришел донос, влиятельные представители местного духовенства из уважения к русскому священнику решили не давать делу хода.

Вскоре, 10 февраля 1873 года, вышел императорский указ, отменяющий все антихристианские законы. Теперь японские христиане могли не бояться произвола местных властей, ссылавшихся на старинные законы. Этот указ был очень важен и для Русской Духовной Миссии, которая получила возможность действовать в Японии официально.

На пожертвования, собранные адмиралом Путятиным в России, отец Николай покупает у графа Тода участок земли на холме в Суругадае. Некоторое время спустя там было устроено двухэтажное здание Миссии с домовой церковью. Большую часть помещений заняли школы: катехизаторская школа, школа русского языка, женская школа. Впоследствии к ним добавилась и семинария. Все школы включали в себя не только учебные классы, но и общежития для учащихся. Уровень преподавания в миссийских школах был очень высок – благодаря помощи Святейшего Синода отец Николай приглашал в Миссию преподавателей из России. В учебные заведения при Русской Духовной Миссии принимали не только христиан, но и язычников. Некоторые из них впоследствии приняли христианство, другие же остались язычниками, но навсегда сохранили благодарность Русской Миссии и ее руководителю.

Владыка Николай с Павлом Накаи