Тогда он решил отправиться в Россию, дабы хлопотать там об открытии Русской Духовной Миссии. Вот как писал об этом сам святой: «Все более и более увеличивалось число принимающих святое крещение и стала предвидеться возможность систематического распространения христианской веры в Японии. С этою именно целью, для получения на это официальных полномочий, я отправился на время в Россию и, получив там на это разрешение и благословение у Святейшего Синода, опять возвратился в Японию». [28]

Действительно, в конце 1869 года отец Николай, испросив отпуск, отправляется в Россию дабы ходатайствовать перед Святейшим Синодом о разрешении открыть в Японии Русскую Духовную Миссию. До Санкт-Петербурга он добрался лишь весной следующего года. Святейший Синод, уже подготовленный письмами отец Николая к своим наставникам – владыкам Иннокентию и Исидору, отнесся к прошению благосклонно. О нем сразу же было доложено императору.

6 апреля 1870 года Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении в Японии Русской Духовной Миссии в составе начальника миссии, трех иеромонахов-миссионеров и причетника. Половину намечаемых расходов брало на себя казначейство, другая половина была отнесена за счет типографского капитала духовного ведомства. Всего духовной миссии ассигновалось 6000 рублей в год и 10000 рублей единовременно. Миссионерские центры располагались в Токио, Киото, Нагасаки и Хакодате. Начальником миссии был назначен иеромонах Николай с возведением в сан архимандрита. Миссия подчинялась ведению Камчатского епископа. Обязанности миссионеров были изложены в «Инструкции для миссии», представленной иеромонахом Николаем и утвержденной Синодом.

Архимандрит Николай вернулся в Японию в марте 1871 года. Его встретила небольшая христианская община и несколько человек, подготовленных к крещению в его отсутствие. Вот как рассказывал об этом впоследствии сам святой Николай: «Когда я снова прибыл в Хакодат, то нашел, что ревностный Савабе уже образовал у себя маленькую церковь: у него собралось из Сендая несколько молодых хорошо образованных «сизоку» (дворян); то были: ныне еще здравствующие о. Матфей Качета, о. Петр Сасачава, уже скончавшийся о. Яков Такая, о. Иоанн Оно, только что отшедший в другой мир Павел Цуда и некоторые другие; всех я нашел уже довольно наученными в вере и в душе христианами. Кто же им указал путь из Сендая в Хакодатэ и кто обратил их в христианство, если не Сам Господь таинственным действием Своей благодати?» [19]

Начальный этап жизни Японской Церкви напоминал собой жизнь первой апостольской общины, даже недоразумения, возникавшие между христианами, были полны веры и любви, в качестве примера можно привести рассказ самого отца Николая: «По моем приезде скоро меня навестил г-н Савабе и, между прочим, сообщил мне о странном, во время моего отсутствия из Японии, поведении г-на Сакая, который проводил все время в заботах о возможно большей выручке денег из своих занятий, тогда как остальные христиане старались, напротив, всем делиться со своими братьями. Услышав об этом, я хотел было обличить г-на Сакая, но с приходом последнего дело тотчас объяснилось. Явившись ко мне, г-н Сакай представил собранные им сто иен (около двухсот рублей), которые пожелал употребить на дела Церкви. Так разъяснилось недоумение г-на Савабе относительно странного, по-видимому, поведения г-на Сакаи.

Другой, подобный по своей видимой странности, случай произошел с г-ном Томи Петром. В одно время все заметили его внезапное исчезновение куда-то. Никто не знал, куда он скрылся… Но вот, спустя 11 дней после этого, однажды вечером, около одиннадцати часов, г-н Петр Томи является ко мне в сопровождении г-на Сакая. Вижу – худ до невероятности, кости сильно выдались на совершенно изменившемся в своем цвете лице; просто жалко было смотреть на него. На мои вопросы, где он был и почему так сильно исхудал, он ответил, что все это время он проводил в воздержании от сна и пищи и в молитве о скорейшем просвещении братьев-язычников тем светом истины, которого он сам недавно сподобился. Услышав обо всем этом, я был очень изумлен столь трогательным проявлением горячей верности по вере. Но все-таки я должен был заметить ему, что такое дело впредь нужно совершать согласно с установлениями Церкви, ибо иначе можно принести сильный вред своему здоровью». [1, с. 29]