Непонимание провинциального духовенства не идет ни в какое сравнение с тем раздражением, которое отец Иоанн подчас вызывал у священнослужителей родной Санкт-Петербургской епархии. Воистину: Не бывает пророк без чести, разве только в отечестве своем и в доме своем (Мф. 13: 57). Часто дело доходило до открытых скандалов: «Когда отца Иоанна приглашали служить в разные столичные храмы, то это раздражало местное духовенство. Так, когда сенновское купечество пригласило отца Иоанна служить в церкви Спаса на Сенной площади, то настоятель церкви встретил его у входа в церковь и в резких выражениях предложил отцу Иоанну удалиться. Отец Иоанн кротко попросил присутствовавшего диакона помирить его с протоиереем настоятелем. Однако настоятель не унимался и настаивал на том, чтобы отец Иоанн удалился. Увидев безнадежность дальнейших разговоров, отец Иоанн уехал». Иногда в таких случаях на отца Иоанна подавали жалобу за служение в чужих храмах. В конце концов, произошел случай, после которого отец Иоанн получил благословение правящего Архиерея на служение во всех храмах епархии: «Группа лиц подала Митрополиту Исидору письменную жалобу на отца Иоанна, обвиняя его за то, что он служил в чужих приходах. Митрополит Исидор прочитал жалобу, запер ее в свой письменный стол и вызвал к назначенному им времени отца Иоанна и жалобщиков. Когда отец Иоанн и жалобщики явились, то Митрополит вынул жалобу из стола и, к великому изумлению своему, увидел, что на том листе бумаги ничего не написано, то же увидели и жалобщики. Тогда Митрополит в недоумении спросил отца Иоанна, что бы это значило. Отец Иоанн помолился Господу Богу и, по молитве его, текст жалобы снова появился на листе. Пораженный этим чудом Божиим, Митрополит Исидор понял, что Сам Бог защищает угодника Своего чудесным образом, разорвал жалобу, выгнал жалобщиков, а отцу Иоанну сказал: «Служи, батюшка, где хочешь».

Даже в Андреевском соборе, где он был настоятелем, отец Иоанн встречал нелюбовь сослужителей. Это нельзя объяснить ничем иным, как только действием духов злобы, через людей нападавших на отца Иоанна. Благодаря его деятельности, уездный храм, каким был Андреевский собор, стал известен на всю Россию, что существенно увеличило доходы духовенства и причта и создало для них множество служебных возможностей. Казалось, они должны быть благодарны отцу Иоанну, но, напротив, в духовенстве Андреевского собора были те, кто не чтил своего настоятеля. В глаза наблюдателям особенно бросалось отношение к отцу Иоанну его ближайшего помощника: «Долгие годы отец Иоанн Кронштадтский смиренно переносил страшные хуления и клеветы на него от своего помощника, протоиерея и ключаря Андреевского Собора. Он мог бы попросить Святой Синод, в котором был в то время к тому же членом, перевести от него на другое место отца ключаря. Но отец Иоанн на него никому не жаловался и молчал». Как известно, отец Иоанн всегда стремился к примирению с теми, кто испытывал против него злобу, и в этом случае он хотя бы перед смертью примирился со своим сотрудником.

Не меньше чем от недоброжелателей отец Иоанн терпел от почитателей. Некоторые из них, заслужившие название «черных воронов», использовали его имя в своекорыстных целях. Среди этих почитателей выделялись псаломщики Дома Трудолюбия и иже с ними – они не только обирали самого отца Иоанна, но и собирали дань с паломников. Но отец Иоанн руководствовался тем, что: «Если Спаситель не гнал от Себя прелюбодеев и грешников и терпел возле Себя Иуду предателя, то мне ли, недостойному слуге Его, не следовать по пути Его! Я такой же грешный человек, как и вы все. Грешен и каюсь… Берегитесь гордыни!» Такие почитатели, прикрываясь именем Кронштадтского пастыря, вели образ жизни, далекий от праведности, позоря отца Иоанна в глазах общества и давая нигилистам повод глумиться над ним.