Всероссийское служение отца Иоанна никого не оставляло равнодушным, кто-то становился его горячим почитателем, кто-то, напротив, неприязненно относился к его личности и деятельности. И те, и другие стали своеобразным крестом Кронштадтского пастыря, причем неизвестно, от кого претерпел он большие страдания.

Недоброжелателей отца Иоанна условно можно разделить на иделогических и личных. Известно, что часть русской интеллигенции не принимала отца Иоанна по идеологическим причинам. Они считали его фанатиком, поддерживающим преступную, по их мнению, власть, нападающим на нигилистов и отвергающим нравственный авторитет Толстого. Можно сказать, что в святом Иоанне они ненавидели собственно русское Православие, которое они готовы были похоронить, но которое в лице Кронштадтского пастыря свидетельствовало о своей жизнеспособности. Эта часть общества, отойдя от Церкви, критиковала все русское духовенство, невзирая на лица. Никакая личная праведность в их глазах не свидетельствовала об истине, но воспринималась, как комедия, ломаемая с целью обогащения и привлечения внимания. Поэтому все их выходки против отца Иоанна имели кощунственный антицерковный характер. Об одном из таких случаев рассказывал сам святой праведный Иоанн Кронштадтский: «Однажды, когда я служил обедню в Андреевском соборе и вышел из царских врат с чашей, то увидел студента, который закуривал папиросу от лампады перед иконой Спасителя. Я сказал ему: «Что ты делаешь?» Студент, не отвечая, ударил меня по щеке, да так сильно, что Дары расплескались на каменный помост. Я перекрестился, подставил ему другую щеку и сказал: «Ударь еще раз». Но народ схватил студента. Камни с помоста были потом вынуты и брошены в море».

К этим недоброжелателям уместно применить евангельское слово: Если бы кто и из мертвых воскрес, не поверят (Лк. 16: 31). Сам отец Иоанн воспринимал идеологических недоброжелателей именно в этом духе.

Личные недоброжелатели также доставили отцу Иоанну немало скорбей. Но он старался относиться к своим личным врагам по Евангельской заповеди – молитвой он побеждал неприязнь и при случае делал им добро.

Как ни странно, но отец Иоанн нажил себе неприятелей в кронштадтском чиновничестве. Многие из них не понимали его помощи нищим, создания Дома Трудолюбия, раздражались на многих паломников, наводнивших Кронштадт. По их мнению, бурная деятельность отца Иоанна создавала определенный непорядок в их службе. Особенно в этом плане выделялся кронштадтский полицмейстер. Вот как вспоминают современники о взаимоотношениях отца Иоанна с полицейским чиновником: «Кронштадтский полицмейстер П. относился крайне неприязненно к отцу Иоанну и причинял ему многие огорчения. Впоследствии этот П. был предан суду за лихоимство и взяточничество и вот отца Иоанна вызывают в суд, в качестве свидетеля против П. Начался допрос и – присутствующие ушам своим не верят: отец Иоанн стал говорить только о добрых поступках полицмейстера известных ему. Вне себя от изумления и разочарования, прокурор напомнил отцу Иоанну:

«Свидетель, вы должны на суде говорить всю правду, не скрывая».

«Я говорю по священству!», – взглянув на прокурора, ответил отец Иоанн.

Больше по этому делу отцу Иоанну не было задано никаких вопросов».

И если, несмотря на подлинно христианское отношение к ближним отца Иоанна, неприязнь кронштадтских официальных лиц еще можно как-то объяснить светским и чиновничьим духом, то тем более удивительна недоброжелательность людей церковных. Подчас открытую неприязнь к Кронштадтскому пастырю испытывали его собратья по служению – священно– и церковнослужители. Во время его поездок по России некоторых сталкивавшихся с ним священников возмущала публичность отца Иоанна, им казалось, что таким образом он нарочно возбуждает суеверие в народе.