25 ноября епископ Игнатий оставил Петербург и отправился в свою епархию. При этом следует заметить, что когда святитель Игнатий уезжал на Ставропольскую кафедру, то у него не оказалось собственных средств на дальнюю дорогу. Он вынужден был просить денег у одного из своих духовных чад.

4 января 1858 года святитель Игнатий прибыл в свой кафедральный город Ставрополь. На месте нового назначения Владыку ожидали многие труды, требовавшие настойчивости, мудрости, рассудительности, неисчерпаемых духовных и телесных сил. Дело в том, что Кавказская кафедра была учреждена лишь в 1843 году. За пятнадцать лет существования епархии дела в ней так и не были приведены в надлежащий порядок. Кроме того, один из предшественников святителя Игнатия вступил в конфликт с Кавказским линейным казачьим войском, вследствие этого Кавказское линейное начальство ходатайствовало об изъятии линейного казачьего населения из ведомства епархиального архиерея и о передаче в ведение обер-священника Кавказской армии.

Архиерейского дома не было, была лишь небольшая хижина, за четырнадцать лет до этого подаренная купцом Волобуевым. Близ этого домика была построена небольшая каменная церковь. Поэтому по приезде в Ставрополь святитель Игнатий вынужден был снять квартиру в доме купца Стасенкова.

Монашеская братия, приписанная к архиерейскому дому, была в столь же плачевном состоянии. Как писал об этом сам святитель Игнатий, «монашествующая братия (архиерейского) дома ежедневно ходила по городу, ища себе обеда и ужина, ибо в (архиерейском) доме, по его бедности, не было требуемой правилами иноческой трапезы».

Существующие материальные проблемы усугублялись тем, что с момента поступления на кафедру Владыки Игнатия Синод значительно сократил финансовое обеспечение Ставропольского епископа. Святитель получал жалование гораздо меньшее, нежели ректор и инспектор Ставропольской семинарии. Но за несколько лет своего пребывания на Кавказской кафедре он смог существенно улучшить материальное состояние епархии.

Так, не желая соблазнять монашескую братию проживанием на частной квартире, он изыскивает средства для строительства нормального архиерейского дома. Он лично разработал проект дома и план строительства. Год спустя в Ставрополе был уже новый архиерейский дом, по отзывам современников, «не чуждый изящества».

Одновременно со строительством архиерейского дома святитель Игнатий начинает административную работу. Особенно много трудов требовалось для улучшения работы духовной консистории. Особое внимание он уделял подбору сотрудников. И вскоре работающая под непосредственным наблюдением Владыки консистория аккуратностью и тщательностью превзошла даже государственные канцелярии Ставрополя. Помимо обычных ведомостей святитель Игнатий распорядился также составить ведомость нерешенных дел и докладывать о них ему лично.

Также внимательно он следил и за деятельностью епархиальных благочинных – всего в Кавказской епархии было 18 благочиннических округов, впоследствии Владыка Игнатий открыл еще два. Для тесного контакта с благочинными святитель Игнатий предоставил им возможность обращаться к нему кроме официальных рапортов с конфиденциальными донесениями. Эта мера позволила святителю более ясно понять проблемы и нужды своей паствы.

Тесно общался святитель Игнатий и с рядовыми священнослужителями. Принимая приехавших в Ставрополь священников, Владыка подолгу беседовал с ними. Подробно расспрашивая их обо всех трудностях приходской жизни, выяснял недоумения, давал основанные на авторитете святых отцов советы. В общении с духовенством святитель Игнатий всегда старался избегать излишнего формализма.