По-прежнему архимандрит Игнатий был оставлен и в должности благочинного. Здесь пришлось ему особенно потрудиться. Именно на этот период приходится сложнейшее «дело помещика Страхова», беспрецедентное не только в церковной, но и в общей юридической практике того времени. Дело это длилось очень долго.

Суть его «заключается в многолетней тяжбе крепостных крестьян и помещика, подполковника Страхова, возникшей вследствие жалобы крестьян на непомерное обременение их работами, на насильственное заключение браков, с розгами при церковных дверях. В деле этом принимали участие приходской священник Александр Ивановский и другие духовные лица. Дело полно возмутительных фактов». Священник Александр Ивановский был посажен в тюрьму за подстрекательство крестьян к возмущению, а помещика оправдали. В 1851 году было назначено новое следствие по делу. Представителем от Духовного Ведомства был назначен архимандрит Игнатий. На следствии представители власти вновь стали на стороне помещика. Архимандрит Игнатий один выступил против Страхова. В записке на 133 листах архимандрит обстоятельно доказал во всем виновность помещика. Что же касается священника Александра Ивановского, то его архимандрит сумел защитить, доказав его невиновность. В архивных документах об этом деле говорится, что архимандрит Игнатий сумел оправдать священника и доказать невиновность крестьян. Решением суда Страхов приговорен был к штрафу, остальные же все реабилитированы. Важно то, что архимандрит один сумел повернуть все дело и помочь беззащитным.

Но несмотря на успешную деятельность и по благочинию, и в Сергиевой обители, архимандрит Игнатий продолжал усиленно проситься на покой и искать для себя место уединения. Для этого он в 1853 году побывал в Оптиной пустыни и просил у настоятеля и старцев разрешения поселиться у них в скиту, но получил отказ.

Вопреки его надеждам, его ждал не покой и уединение, а новое, более обширное поприще духовной деятельности. В 1856 году скончался митрополит Санкт-Петербургский Никанор. На кафедру Санкт-Петербургской митрополии был переведен митрополит Григорий (Постников), один из друзей и почитателей архимандрита Игнатия. Митрополит Григорий уже давно считал, что архимандрит Игнатий должен послужить Церкви в святительском чине. Поэтому, став епархиальным архиереем архимандрита Игнатия, он решил всячески этому способствовать. Одновременно наместник Кавказский Николай Николаевич Муравьев-Карский хлопотал о назначении на Ставропольскую кафедру достойного архиерея. Его выбор также пал на архимандрита Игнатия.

Узнав о желании Кавказского наместника, митрополит Григорий предложил в Синоде кандидатуру архимандрита Игнатия. Несмотря на некоторое противодействие, выраженное в замечании, что «архимандрит Игнатий не учился в Духовной академии», в целом кандидатура архимандрита Игнатия, как будущего епископа Кавказского и Черноморского, была одобрена Синодом. Также было получено Высочайшее соизволение от императора. Сам архимандрит Игнатий принял решение Святейшего Синода с монашеским послушанием, как выражение промыслительной воли Божией.

23 октября 1857 года в Святейшем Синоде, при значительном стечении народа, прошло наречение архимандрита Игнатия во епископа Кавказского и Черноморского. Епископская хиротония святителя Игнатия состоялась 27 октября в Казанском соборе. На другой день новопоставленный епископ совершил литургию в лаврской Крестовой церкви и затем три дня следующего месяца провел в Сергиевой пустыни. 3 ноября, в воскресный день, епископ Игнатий отслужил в пустыни Божественную литургию, участвовал на общей братской трапезе и, простившись со всеми, окончательно оставил Сергиеву пустынь. Он переехал в Александро-Невскую лавру.