Постройки были возведены, но в 1863 году великий князь Константин Николаевич, отъезжая в Варшаву, сложил с себя председательство в комитете. Будучи учреждением временным и случайным, комитет не мог уже по свойству дела, которое только началось с возведением приюта, хотя бы ради тех же паломников, не войти в лабиринт палестинских отношений и прекратить свое бытие, а потому должен был примкнуть к одному из министерств и вошел в состав Министерства иностранных дел. Антагонизм консула с Миссией, ревностно раздуваемый греками, составляет выдающуюся сторону его деятельности. В каком положении было попечение о поклонниках, видно из того, что заразные болезни до того развились в строениях русского приюта, что однажды турецкие власти задумали было оградиться от приюта карантинными мерами. Нечего и говорить о церковных делах: Иерусалимская Церковь переживала период анархии. Потеря румынских доходов расстроила церковное хозяйство и усилила эксплуатацию русских поклонников.

Попытка Патриарха Кирилла ограничить корыстолюбие Святогробской братии кончилась доносом и сменой Патриарха – первой в истории Иерусалимской Церкви. С тех пор, с 1872 года, сменили еще двух Патриархов. Совращение православных приняло угрожающие размеры. Сельские церкви разрушались, приходское духовенство, оставленное без средств для существования, покидало паству и храм: школы существовали только на бумаге. Высшее духовенство ссорилось из-за русских денег, монахи сманивали моложавых поклонниц в «геронтиссы», обдирали богомольцев, приобретали имения, строили гостиницы и лавки с верным доходом и, не краснея, заявляли, что лучше всего будет, если туземцы перейдут к латинянам и протестантам, а Святогробское братство с Патриархом останется в Иерусалиме при своих доходах, на правах армян, хранителем и служителем при Святых местах.

На страже православия в это время стоял один архимандрит Антонин. По необыкновенной стойкости, энергии, находчивости и дипломатической ловкости архимандрит Антонин стоит наравне со знаменитыми католическими деятелями в Палестине, Патриархом Валергой и патером Ратисбоном, и даже выше их, если вспомнить, что поддержки в консулах он совсем не имел и располагал только скудным бюджетом Миссии, да случайными пожертвованиями, приглашать публику к которым ему было формально воспрещено. Латиняне и протестанты, пользуясь щедрыми средствами конгрегаций, стали захватывать земли вокруг Иерусалима. Антонин являлся их удачным конкурентом повсюду. Он спас православие в Бейт Джале, купив несколько участков, на которых развел виноградник, выстроил училище, завел пансион. В Горней, против францисканского монастыря, он основал первую русскую женскую монастырскую общину; он предупредил графиню де ла Тур д’Овернь перекупив вершину Елеонской горы; ему удалось даже приобрести участок с дубом Мамврийским у фанатических магометан Хеврона – святыню, чтимую равно христианами, иудеями и мусульманами. За двадцать пять лет он едва ли получил из России 250 000 рублей, а стоимость земельных владений, приобретенных им и переданных в 1889 году Палестинскому Обществу, оценивается почти в миллион рублей.

Состояние Иерусалимской Православной Церкви и положение русских богомольцев, забытых среди междоусобий консулов с Миссией, возбудило наконец громкие жалобы. Они вновь поднялись от народной массы и достигли до трона. Палестинские дела не укладывались в формы, пригодные к обыденным, правильным и нормальным отправлениям, пребывали в хаотическом состояний, требовали и требуют особой разработки посредством особых орудий и учреждений, и только пройдя через таковую могут выясниться настолько, чтобы компетенция их, то ведомство, куда они окончательно приурочатся и где рассортируются, могла быть установлена с надлежащею точностью. Палестинские отношения до сих пор представляют неустранимый из народной жизни государственный материал, требующий непосредственного воздействия творческой самодержавной власти и не поддающийся общему порядку делопроизводства в учреждениях, созданных для иных целей. Палестиское дело – новая государственная задача, вдвинутая народом в русскую политику. Оттого каждый фазис его неизменно показывает двух факторов: Императорскую Фамилию, один из членов которой становится во главе дела, и массу безвестных паломников из России, причем регулярные учреждения оказываются недостаточными и появляется временная организация, близкая к правительственным сферам, но стоящая особо от высших государственных установлений. Эти обстоятельства вызвали к жизни Императорское Православное Палестинское Общество, под председательством великого князя Сергия Александровича.