С середины 1724 г. произошло еще одно изменение в системе управления Санкт-Петербургом. В отсутствие санкт-петербургского обер-коменданта и с увольнением от дел М. М. Голицына Я. X. Бахмеотов, продолжая именоваться комендантом Санкт-Петербургской крепости, на практике перенял некоторые функции, которые ранее осуществляли Р. В. Брюс и М. М. Голицын. Подобное расширение обязанностей было произведено по воле генерал-губернатора А. Д. Меншикова, нуждавшегося в верных исполнителях на время своего отсутствия в столице и стремившегося концентрировать военное управление разношерстной губернией в одних руках. С 1724 г. комендантам Нарвского, Кронштадтского, Шлиссельбургского, Московского Орлова, Рижского вице-губернаторского, Выборгского и Смоленского гарнизонов указывалось отправлять Я. X. Бахмеотову сведения о численности и хозяйственном оснащении подотчетных им крепостей[195]. Шлиссельбургский комендант В. И. Порошин вел переписку с А. Д. Меншиковым, пользуясь посредничеством Я. X. Бахмеотова[196]. Яков Хрисанфович также получал информацию о произведенных в Санкт-Петербурге силами губернских полков работах, контролировал денежные сборы и распределение средств, решал проблемы с поставками материалов. При необходимости он участвовал в организации строительных мероприятий – например, приложил руку к ремонту Нарвской и Ивангородской крепостей[197]. Полученные от комендантов сведения Я. X. Бахмеотов переправлял А. Д. Меншикову, тем самым выполняя важную посредническую роль в княжеском документообороте. Ответные указы генерал-губернатора к комендантам поступали как напрямую в канцелярию А. Д. Меншикова, так и в Санкт-Петербургскую гарнизонную канцелярию, откуда уже передавались по назначению. Таким образом, к концу правления Петра I санкт-петербургский комендант Я. X. Бахмеотов в губернской управленческой иерархии занимал привилегированное место по сравнению с остальными руководителями ингерманландских крепостей, становясь связующим звеном между генерал-губернатором и губернскими комендантами.
Итак, деловые отношения, сложившиеся между генерал-губернатором А. Д. Меншиковым и комендантом Санкт-Петербургской крепости Я. X. Бахмеотовым, по всем формальным признакам определялись принципом прямой подчиненности. Комендант регулярно, иногда каждый день, посылал князю детальные доношения и пространные письма с информацией о происходящем в Санкт-Петербурге и/или Санкт-Петербургской крепости. А. Д. Меншиков со своей стороны так же указывал Я. X. Бахмеотову «репортовать нас впредь о всем обстоятельно»[198]. Во время пребывания князя в столице Яков Хрисанфович являлся к нему на аудиенции в дом на Васильевском острове. Комендант, как правило, приезжал в первой половине дня, докладывал по текущим делам, вел с А. Д. Меншиковым «довольные разговоры». Среди посетителей, являвшихся вместе с Я. X. Бахмеотовым, составитель «Повседневных записок делам князя А. Д. Меншикова» называет: генерал-поручика Ф. Г. Чекина, Д. А. Бестужева-Рюмина, генерал-аудитора И. В. Кикина, генерал-ревизора В. Н. Зотова, графа А. А. Матвеева, генерал-майора П. Г. Чернышова, гвардии майора С. А. Салтыкова, капитан-поручика Г. Г. Скорнякова-Писарева, стольника М. А. Головина, полковника И. Е. Лутковского, полковника И. В. Стрекалова, капитана Ф. М. Скляева и др. Чаще всего Александр Данилович принимал коменданта в компании с вице-губернатором С. Т. Клокачевым (до его отставки в 1717 г.) и петербургским ландрихтером Ф. С. Мануковым, ключевыми должностными лицами в системе управления Санкт-Петербургской губернии. Нетрудно догадаться, что основной темой их разговоров было обсуждение дел, касающихся управления губернией и ее столичным центром