В любом случае и как генерал-губернатор, и как президент Военной коллегии А. Д. Меншиков являлся непосредственным руководителем санкт-петербургского коменданта: он контролировал его деятельность, выносил резолюции и раздавал указания. Более того, именным указом от 2 февраля 1712 г., объявленным из Сената, за генерал-губернаторами законодательно закреплялось право назначения комендантов по своей воле[176]. М. М. Богословский в «Исследовании по истории местного управления при Петре Великом» писал, что в 1700-х гг. коменданты были подчинены единоличной власти генерал-губернатора, затем для коллегиальности должны были добавиться обер-комендант, обер-комиссар, обер-провиант и ландрихтер[177]. Подобное умозаключение подтверждается данными делопроизводства и частной переписки между А. Д. Меншиковым и сменяющимися петербургскими комендантами. Е. А. Андреева, анализируя деятельность первого петербургского коменданта К.-Э. Ренне, замечает, что комендант посылал донесения как напрямую государю, так и А. Д. Меншикову, на чьи указания в тексте делалась ссылка. На полях донесений К.-Э. Ренне князь оставлял резолюции, что, по мнению исследовательницы, говорит о постоянном контроле генерал-губернатора за ситуацией в Санкт-Петербурге[178]. Так же как и первый комендант крепости, перед генерал-губернатором отчитывались его последователи[179]. Пожалуй, со временем их зависимость от воли А. Д. Меншикова стала еще сильнее, поскольку практика отправки отчетов напрямую Петру I постепенно ликвидировалась[180].

Хотя подчиненность Я. X. Бахмеотова А. Д. Меншикову не может вызывать сомнений, рассматривая специфику их деловых связей, нельзя игнорировать тот факт, что в системе управления Санкт-Петербургской губернией существовало еще несколько государственных институтов, оказывавших влияние на механизмы взаимодействия между генерал-губернатором и комендантом. Прежде всего, речь идет о должности обер-коменданта, которая рассматривается большинством исследователей как связующее звено между генерал-губернатором и комендантами крепостей[181]. Другими словами, в идеальном варианте иерархия должна была выглядеть следующим образом: комендант крепости подчинялся обер-коменданту более крупной территориальной единицы, обер-комендант подчинялся генерал-губернатору. Н. Р. Славнитский в своем специальном исследовании, посвященном функциям комендантов и обер-комендантов в годы Северной войны, указывает на отсутствие четкой регламентации комендантских функций и отмечает, что появление должности обер-коменданта наряду с должностью коменданта, «по всей видимости, диктовалось условиями военной обстановки, требовавшей наличия руководителей, которые могли наладить оборону на обширной территории, используя несколько крепостей в качестве “узлов обороны”, и в то же время выполнять более широкие функции, включая надзор за строительством укреплений, формирование новых полков и т. д.»[182] Поэтому, согласно его мнению, правомерно считать комендантов начальниками гарнизонов крепостей, а обер-комендантов – военачальниками и администраторами, державшими в подчинении и гарнизонные, и армейские полки. В заочный спор со Н. Р. Славнитским вступает Д. А. Редин, который полагает, что в Ингерманландской губернии до 1720 г. существовали разные по своему иерархическому положению обер-комендантские должности[183]. Историк выстраивает еще более сложную иерархию комендантских должностей: во главе стоял губернский обер-комендант (Р. В. Брюс), который имел власть над всей территорией Ингерманландской губернии; ему подчинялись обер-коменданты – руководители второстепенных единиц области («обер-комендантских провинций»); наиболее мелкой должностной единицей являлись коменданты городов и крепостей, которые подчинялись либо обер-комендантам, если управляемые ими города и крепости входили в «обер-комендантскую провинцию», либо губернскому обер-коменданту