Находясь в тюрьме, Гош, как и подобало солдату, не раз смотревшему в лицо смерти, проявил завидное хладнокровие. Почти все время он посвящал изучению военно-научных и военно-исторических трудов, совершенствуя свои военные знания. Тюрьма умерила его заносчивость и научила быть более осторожным, терпеливее относиться к людям.

В сентябре 1794 г. Гош был назначен командующим одной из группировок войск, действовавших против мятежников (шуанов) в Вандее, Нормандии и Бретани. На этом посту он проявил себя с новой стороны. До сего времени ему приходилось действовать лишь в роли военачальника, сражавшегося с внешним врагом, теперь же он должен был действовать против врага внутреннего, в условиях гражданской войны. И Гош справился с новой для себя задачей превосходно. Прежде всего он заявил о себе как осторожный политик и умный военный администратор. Решительно преследуя отряды мятежников, роялистов и английских агентов, он в то же время прилагал максимум усилий, чтобы, не применяя массовых карательных акций, усмирить возбужденную ими основную массу народа, проявлял благоразумие, великодушие и гуманность в сочетании с необходимой осмотрительностью. Свои войска он разделил на несколько отдельных отрядов (т. н. «подвижные колонны»), которые, действуя быстро и решительно с разных направлений, рассекали силы противника и громили его по частям. Одновременно в охваченных восстанием районах проводилось разоружение населения и принимались меры к изоляции этих районов от внешнего мира (Англии и эмигрантов).

27 июня 1795 г. 5-тысячный десант эмигрантов-роялистов, высаженный с английских кораблей, занял п-в Киберон (Бретань) и приступил к закреплению на нем. На соединение с ним направились отряды шуанов общей численностью 10 тыс. (по другим данным 16 тыс.) человек, возглавляемые своими предводителями.

Обстановка в западных районах Франции резко осложнилась.

Но Гош действовал смело и решительно. Он быстро выдвинул все свои оказавшиеся под рукой силы (до 6 тыс. человек) к полуострову Киберон и блокировал закрепившийся там вражеский десант, силы которого после соединения с шуанами возросли почти до 20 тыс. человек. В бурную ночь 20 июля войска Гоша штурмом овладели фортом Пентьевр, находившимся на перешейке и закрывавшим вход на полуостров. 21 июля весь п-в был очищен от противника. Большая часть вражеского десанта, получившего в ходе операции подкрепление (1,5 тыс. эмигрантов), была уничтожена. Основная масса шуанов разбежалась. Ок. 2 тысяч роялистов сумели спастись на английских кораблях, но свыше 700 человек во главе с графом Сомбрелем, окруженные республиканскими войсками, были вынуждены сложить оружие. По приказу Директории все взятые в плен роялисты были расстреляны. Эта акция произошла, несмотря на резкий протест Гоша, обещавшего от имени Республики при заключении капитуляции сохранить роялистам жизнь.

Вскоре на о-ве Дье, вблизи побережья Франции, высадился новый десант роялистов, возглавляемый графом д’Артуа (брат казненного короля Людовика XVI). Ободренные этим шуаны снова взялись за оружие. К этому времени все три группировки республиканских войск (Шербурская, Брестская и Западная), действовавшие на западе Франции, были объединены в одну армию под командованием Гоша. Переправившись на левый берег Луары и выдержав там ряд жестоких боев с вандейцами, он быстро разгромил их основные силы и подавил восстание в самом начале, не дав ему распространиться на другие провинции. Граф д’Артуа, узнав об этом, так и не решился высадиться на материк и возвратился в Англию. Руководители восстания Шарет и Стофле были взяты в плен и расстреляны.