Начало кампании 1809 г. сложилось для Итальянской армии неудачно.

Австрийская армия эрцгерцога Иоанна в Италии имела заметное превосходство в силах. Под ее натиском войска Итальянской армии были вынуждены отступать. В сражении 16 апреля 1809 г. при Салиле они потерпели поражение. Но, получив крупные подкрепления, в результате чего численность Итальянской армии к 26 апреля возросла до 60—68 тыс. человек, Богарне немедленно перешел в контрнаступление. Последовательно нанеся поражения противнику в сражениях на р. Брента, а затем – на берегах р. Пиавы, он вытеснил австрийцев из Италии и в начале мая перенес боевые действия на территорию Иллирийских провинций.

Решающую роль в достижении этих успехов сыграли, конечно, победы Наполеона на основном театре военных действий в Германии, вынудившие австрийцев начать отступление из Италии. Вместе с тем нельзя не отдать должное и главнокомандующему Итальянской армией. Наполеоновский пасынок (приемный сын) во время этой кампании проявил не только хорошие организаторские способности, но и военный талант. Он осуществлял руководство войсками (под присмотром cурового «шотландского дядьки-генерала», напомним: яростно сражавшегося с самим «неистовым стариком Souvaroff» в Италии в далеком 1799 г.!) с необходимой для полководца твердостью и умением, действовал разумно и решительно, но в то же время осмотрительно, реально учитывал сложившуюся на театре военных действий оперативно-тактическую обстановку, стремился не допускать крупных оперативных просчетов. В целом экзамен на зрелость в своей новой роли Эжен де Богарнэ выдержал вполне успешно.

Сомнения Наполеона в отношении военных способностей своего воспитанника рассеялись.

Новые поражения австрийцам армия Богарне нанесла на подступах к р. Сава, опрокинув противника при Тарвисе и Лайбахе (Любляна). В последнем из этих сражений войска Итальянской армии взяли в плен 4 тыс. австрийцев во главе с генералом Мерфельдом, бывшим до войны послом Австрии в России. Развивая наступление дальше на северо-восток, 25 мая 1809 г. войска Итальянской армии нанесли противнику новое поражение при Санкт-Микеле.

В конце мая 1809 г. под стенами Вены она соединилась с армией Наполеона. К этому времени армия вице-короля насчитывала всего лишь 23 тыс. человек и ок. 100 орудий, так как крупные силы ему пришлось оставить в Италии и Иллирийских провинциях, а также выделить для охраны своих растянувшихся коммуникаций и ведения боевых действий в Тироле. Не обошлось и без понесенных в многочисленных боях потерь. Австрийская армия эрцгерцога Иоанна в ходе энергичного преследования ее войсками Богарне также лишилась значительной части своего состава.

После присоединения к главным силам наполеоновской армии Итальянская армия образовала ее правое крыло, развернув наступление в Венгрию. 2 июня у селения Папа в Западной Венгрии австрийцы потерпели очередное поражение. Исход боя решила блестящая кавалерийская атака, которую возглавил лично вице-король Италии. А 14 июня, в день 9-й годовщины судьбоносного Маренго, Богарне разбил 50-тысячную австрийскую армию эрцгерцога Иоанна в сражении при Раабе (ныне венгерский город Дьер) и отбросил остатки ее к Комарно.

В ходе двухдневного (5—6 июля 1809 г.) тяжелого и кровопролитного генерального сражения при Ваграме войска Эжена де Богарнэ действовали в центре боевого порядка французской армии и покрыли себя новой славой. Прорыв ими (мощной, чья подлинная численность до сих пор остается предметом споров среди маститых исторкив, колонной-тараном все того же «дядьки» Макдональда