В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 30—40 тыс. чел.). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в двухдневном (так называемая Вторая битва) сражении при Цюрихе (25—26 сентября 1799 г.) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию.

Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (ок. 20 тыс. чел.; данные разнятся), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских воинов Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. (Правда, хоть и беспримерный, но неэффективный!) Такова была оценка военного искусства русского полководца признанным во Франции мастером горной войны.

Благодаря победам Массены (после победы при Цюрихе его войска нанесли ряд поражений и австрийцам) положение Французской республики значительно улучшилось. Франция как бы негласно признала его «спасителем Отечества» (после измены генерала Пишегрю это звание никому больше во Франции официально не присваивалось). Так его назвал и возвратившийся в это время из Египта Наполеон Бонапарт.

Известие о перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 г.), в результате которого к власти во Франции пришел Наполеон Бонапарт, Массена встретил без энтузиазма. Он не забыл довольно сложные отношения со своим бывшим главнокомандующим и ничего хорошего лично для себя от него нового возвышения не ожидал. Но как человек расчетливый и достаточно осторожный в вопросах политики, и к тому же занимавший должность командующего одной из армий Республики, он проявил сдержанную лояльность к этому событию. Вместе с другими командующими армиями Массена, вероятно, скрепя сердце, приветствовал переворот 18 брюмера и приход Бонапарта к власти.

И интуиция не подвела бывалого бойца. 23 ноября 1799 г. Первый консул Республики генерал Наполеон Бонапарт назначил Массену командующим Итальянской армией. Однако это назначение последний принимает без особого восторга. Дело в том, что разгромленная союзниками в 1799 г. Итальянская армия находилась в крайне незавидном положении, удерживая в районе Генуи последний клочок итальянской земли. Саму Геную оборонял небольшой гарнизон, лишенный самых необходимых запасов.

Перед тем как согласиться на перевод в Италию Массена поставил перед главой государства условие: он не возглавит армию, обреченную на оборонительные действия, и недвусмысленно заявил о своих претензиях на главное командование. Бонапарт удовлетворяет его требование. Массена получает права главнокомандующего, в том числе и по части тех реквизиций, которые он сочтет необходимыми для нужд армии.

Правда, прибыв в армию (январь 1800 г.) и увидев все своими глазами, Массене пришлось распрощаться со своими честолюбивыми намерениями. Противник имел более чем двойное превосходство в силах, побережье блокировал английский флот, армия находилась в ужасающем состоянии, госпитали были переполнены больными и ранеными, моральный дух войск приближался к критической отметке, целые батальоны превратились в неуправляемые банды, промышлявшие грабежами и разбоями. Но не таков был Массена, чтобы пасовать перед трудностями, какими бы непреодолимыми они ни были. Первым делом он энергично взялся за наведение порядка в войсках. Второе, что предпринял новый командующий, – отвел все войска в Геную, решив обороняться в ней до последней возможности.