Двадцать первого декабря 1919 года роговцы штурмом выбили из Щегловска пехотный полк колчаковцев, но через день у станции Топки в бою с отступавшими частями белогвардейцев понесли большие потери. Около ста партизан было убито, многие ранены.
Двадцать пятого декабря по приказу Реввоенсовета 5-й армии отряд Рогова должен был войти в подчинение командования 35-й дивизии Неймана. Рогов отказался выполнить приказ, и двадцать девятого декабря был арестован. Пятого января 1920 года, уже будучи арестантом, он возвращается в частично сожжённую партизанами тюрьму разграбленного Кузнецка для расследования его прегрешений перед советской властью и трудовым народом. Вскоре его этапировали в Новониколаевск[11]. В тюрьме его сильно избивают, однако в феврале реабилитируют и даже выдают десять тысяч рублей из партийной кассы Новониколаевска за заслуги перед революцией. На предложение вступить в партию большевиков и перейти на работу в советские органы власти Григорий Рогов ответил отказом и уехал в Жуланиху.
По приезде в Жуланиху Григорий некоторое время болел, дало знать пребывание в тюрьме, но от своей мечты – создать в своём селе истинную трудовую коммуну без белоручек, кулаков и попов – он не отказался. Вокруг него снова образуется группа единомышленников и бывших партизан отряда.
Четвёртого мая 1920 года Рогов с небольшим отрядом предпринимает дерзкое нападение на село Тогул, громит все советские органы и учреждения, забирает их деньги и имущество. На борьбу с ним направляется отряд ЧОН[12]. На сей раз отряд Григория Рогова был слишком мал, чтобы оказать серьёзное сопротивление новой власти, они пускаются в бега. Два месяца Рогов, преследуемый чоновцами, прячется по окрестным деревням, в основном у бывших партизан своего отряда. Третьего июля они вместе со своим командиром эскадрона Возилкиным заночевали на сеновале в деревне Евдокимово Дмитро-Титовской волости Барнаульского уезда у хорошо знакомого им крестьянина Евгения Тагильцева. Опасаясь за свою жизнь, Тагильцев сообщил об этом председателю партячейки Дмитро-Титово Полетаеву, который застрелил Рогова при задержании. Получалось противозаконно, поэтому, по официальной версии, Григорий Рогов вырвался из окружения милиционеров и побежал к реке Чумыш. Его ранили в ногу. Поняв, что он не сможет дойти до реки и, не желая быть схваченным, Рогов застрелился.
Так оборвалась жизнь, безусловно, знакового, влиятельного, авторитетного персонажа Гражданской войны на Алтае – Григория Рогова.
В Гражданскую войну на Алтае создалась и успешно действовала против «белых» не Красная, а своя – повстанческая армия. Известно о ней куда меньше, чем о повстанцах батьки Махно. В советское время тему крестьянского повстанчества в Гражданской войне не жаловали. Повстанцев называли «зелеными» и фактически приравнивали к бандитам, иногда смешивая ещё и с «белыми», хотя, если говорить об Алтае, именно повстанцы освободили регион от «белых», подготовив почву для установления здесь советской власти.
Схожей с судьбой Рогова была участь и других командиров повстанческих отрядов. Когда на Алтае была восстановлена советская власть, Ефим Мамонтов получил назначение помощником инспектора пехоты 5-й армии, затем – начальником отдела снабжения запасных частей 5-й армии. В отличие от Рогова, Мамонтов был более сговорчив с красными, но это ему не помогло. Несмотря на то, что с июня по сентябрь 1920 года Мамонтов был командиром Первой отдельной красной добровольческой Западно-Сибирской стрелковой бригады, сражался против врангелевцев, затем командовал бригадой в составе 27-й стрелковой дивизии войск внутренней службы, 25 декабря 1920 года его арестовали органы ВЧК в Барнауле. Позже Мамонтова освободили, но в конце февраля 1922 года он был убит в деревне Власиха под Барнаулом. Точные обстоятельства убийства бывшего повстанческого командира неизвестны. Есть версия, что он стал жертвой агентов ВЧК, расправлявшихся с неподконтрольными и ненадежными бывшими партизанскими командирами.