В июле 1918 года Рогов организует в Жуланихе группу по борьбе сначала против Временного Сибирского правительства[8], а затем – против Колчака. С этой целью он создаёт партизанский отряд. Колчаковцам было трудно справляться с партизанами. Они воевали в хорошо известных им местах, имели обширную разведывательную сеть из числа местных жителей. При малейшей опасности отряд Рогова уходил в Чернь, где найти их было не только трудно, но и опасно.

Со второй половины 1919 года Григорий Рогов уже командует объединённым партизанским отрядом в Причумышье численностью до пяти тысяч человек. Его отряд освобождает от колчаковцев восемнадцать волостей на правобережье Оби, проведя при этом двадцать сражений. В бою под Сорокине он разбил отряд поручика Романовского в полторы тысячи штыков, под Зыряновкой – отряд голубых улан атамана Анненкова численностью 700 бойцов, в селе Тогул разгромил сильный гарнизон колчаковцев численностью свыше тысячи солдат и офицеров.

Однако эти победы ничего хорошего местному населению не несли. Руководствовавшийся анархическими идеями, наслаждающийся властью и вседозволенностью, зачерствевший душой после десяти лет службы в царской армии и двух войн, привыкший убивать и казнить без суда и следствия – Григорий Рогов не пресекал многочисленных грабежей, зверских убийств зажиточных селян, бесчеловечных расправ над священниками и надругательств над церковными святынями. Свой лозунг о новой жизни без попов и белоручек он реализовывал в буквальном смысле. Население Причумышья было запугано действиями его партизан. Они были не менее жестоки, чем колчаковцы.

В июне 1919 года Барнаульский комитет РКП(б) принимает решение о большевизации отряда Рогова и внедряет в него двенадцать большевиков во главе с Матвеем Ворожцовым, принявшим партийную кличку – Анатолий.

В сентябре 1919 года с отрядом Григория Рогова соединяется отряд анархиста Ивана Новосёлова. Командиром отряда становится Рогов, его заместителем – Новосёлов, а роль комиссара выполняет Анатолий. Анатолий пытался переманить Григория на сторону большевиков, но Рогова, попавшего под влияние Новосёлова, переубедить не удалось.

За спиной у анархистов Анатолий с большевиками создавали сельские Советы, подчиняя их краевому съезду Советов. Узнав об этом накануне III съезда Советов Причернского края в начале декабря 1919 года, Григорий Рогов выгоняет из отряда всех большевиков. Отряд разделяется на две части, около тысячи партизан остаются с Анатолием, а около двух тысяч под командованием Григория Рогова и Ивана Новосёлова уходят на Кузнецк[9]. Позже Анатолий создаёт Первую Чумышскую Советскую партизанскую дивизию.

Двенадцатого декабря 1919 года двухтысячный объединённый отряд Григория Рогова и Ивана Новосёлова вошёл в Кузнецк. Партизаны оцепили город и разоружили формирования ревкома. Знаменитая «роговская чистка» длилась трое суток. Смертные приговоры были вынесены колчаковским офицерам, служившим в органах власти в 1918–1919 годах, местным жителям по жалобам за буржуазную пропаганду, милиционерам, торговцам, местному духовенству. Одновременно отряд проводил реквизицию и экспроприацию. Партизаны паковали трофеи. Роговцы подожгли тюрьму, Спасо-Преображенский собор, Одигитриевскую церковь. По разным данным из четырёх тысяч жителей Кузнецка за три дня были убиты от трёхсот до семисот человек. На четвёртый день отряд Григория Рогова разделился. Часть партизан повезла реквизированное имущество в Барнаульский и Бийский уезды, а основные силы двинулись на север, на Щегловск[10]. После ухода роговцев из Кузнецка в него вошли колчаковцы. Они разграбили то, что ещё можно было ограбить: лавки, склады, аптеки, жителей города и окрестных деревень. Подозрительных, по их мнению, людей они убивали без суда и следствия.