Принципиально иной подход к описанию нейтрализации декларирован Московской фонологической школой (МФШ). В противоположность упомянутым выше фонологическим направлениям, московская теория нейтрализации сосредоточивает внимание не на совпадении (отсутствии различия), а на сохранении различия, но на более высоком уровне, т. е. «на первый план выдвигается момент функциональной значимости» [Кузнeцов 1941: 148]. Центральной идеей этого подхода является идея групповой различимости, сформулированная А. А. Реформатским еще в начале 30-х годов, в период его увлечения лингво-полиграфической проблематикой [Реформатский 1933: 49]. В. Н. Сидоровым была введена специальная единица – самим автором, впрочем, нигде в печати не отраженная – для уровня групповой различимости, названная гиперфонемой. В европейской фонологии коррелятом данного понятия может быть архифонема, но лишь в чисто терминологическом аспекте. По существу же это понятие противоположно понятию архифонемы как в его отношении к понятию оппозиции, так и в отношении к уровню фонем вообще [Reformatski 1957; Реформатский 1970]. Среди европейских фонологов, пожалуй, только А. Мартине близко подошел в своей теории нейтрализации к понятию гиперфонемы, когда он, со свойственной ему тонкостью анализа, указал на ряд противоречий в пражской концепции и обосновал применение понятия архифонемы к таким простым фонологическим единицам, которые способны в определенных позициях расщепляться на два или более фонологически отличных элемента, но которые не тождественны ни с одним из этих элементов [Martinet 1936: 54]. Что же касается понятия гиперфонемы, фигурирующего в фонологической концепции К. Пайка, то это – чистейшей воды омонимия, поскольку для Пайка гиперфонема – это фонологический контекст (слог, слово и т. д.), в котором исследуется поведение минимальной «бихевиоремы» – фонемы [Pike 1955: 41].

Но, как это ни парадоксально, встречаемость понятия и особенно термина «гиперфонема» в трудах московских фонологов находится в обратной зависимости от его фундаментальности в фонологической концепции МФШ. Даже в исследованиях тех фонологов, которые сознательно стоят на позициях Московской школы, обычным является использование термина «архифонема», причем вместе с вызываемыми им пражскими ассоциациями (ср., например, работы С. К. Шаумяна, И. И. Ревзина). Отчасти это объясняется фрагментарностью и спорадичностью описаний данного понятия в работах теоретиков МФШ (Р. А. Аванесов, например, вообще не пользуется терминами «нейтрализация» и «гиперфонема»), отчасти – некоторой двусмысленностью этих немногочисленных описаний.

С одной стороны, о гиперфонеме неизменно говорится там, где излагается теория нейтрализации, и при этом подчеркивается сохранение групповой различимости фонем, соотносимых с данными гиперфонемами; отсюда естественно было бы заключить, что всякий конкретный вариант принадлежит к определенной гиперфонеме и всякая нейтрализация есть гиперфонемная ситуация (см.: [Кузнецов 1941: 116; Реформатский 1970: 116]). С другой стороны, употребление гиперфонемы неизменно иллюстрируется весьма замкнутым кругом материала – таким, как баран, корова, собака, где первая гласная определяется как гиперфонема А/О, или такими, как где, кто, где первая согласная определяется как гиперфонема К/Г; при этом подчеркивается, что во всех подобных случаях имеет место слабая позиция, не чередующаяся с сильной, т. е. констатируется неполный фонемный ряд (см.: [Кузнецов 1959: 35; Аванесов, Сидоров 1945: 44; Аванесов 1956: 32–33]). Поскольку иллюстрация впечатляет сильнее, чем декларация, именно второе, суженное, употребление понятия гиперфонемы обусловило, по-видимому, его незаслуженную непопулярность.