Зимой 1754 года в г. Гурьев был командирован инженер-капитан Назимов для руководства над восстановительными и ремонтными работами. Прежде всего взялись за разобранные каменные стены. Причины преждевременного разрушения стен и сооружений крепости объяснялись слабостью грунта и фундамента, который «размок и развалился». Назимов просил губернатора дополнительно вместе с солдатами гарнизона назначить для ремонтных работ яицких казаков. И так в середине 1764 года военная коллегия принимает меры к усилению военного гарнизона города. Оренбургская канцелярия обратилась в Астрахань о доставке в Гурьев «надлежащего числа лесу водным путем» для строительства казарм. Начальник гарнизона капитан Хиряков получил приказ составить смету строительства казарменных и других помещений и командировать в Астрахань специально нарочного для закупки лесоматериалов. Казармы и другие служебные помещения были построены к зиме 1765 года. Академик П. С. Паллас, посетивший Гурьев летом 1769 года, отмечал изменения в облике крепости и её сооружениях по сравнению с первоначальной застройкой. Он писал: «В крепости сделаны одни только ворота на восточной стороне, к реке Яику. На той же стороне находится часть старинной каменной стены, которая захвачена в новое крепостное строение. Она вышиной была выше двух сажен и сложена из толстых кирпичей; но ныне от солоноватого основания, внизу так осыпалась, что скоро отвалится». В то же время ученый отмечал, что Гурьевская крепость, исключая Оренбург, перед всеми лежащими по Яику крепостями имела преимущество.

Гарнизон Гурьева формировался из числа астраханских, красноярских, московских, казанских стрельцов. Стрельцов, посылавшихся на «годовалую» службу на Яик для охраны города, рыбных промыслов, судов, торговых путей и караванов называли «годовальщиками» астраханскими, московскими и т. п. Гарнизон обычно колебался от 200 до 550 стрельцов. Рыболовство по реке Яику, кроме его устья, в протоках, озерах являлось одной из первых привилегий, предоставленных яицким казакам царизмом.

В то же время Указом царского правительства от 30 сентября 1732 года кочевым народам – калмыкам, башкирам, казахам – запрещалась рыбная ловля в Яике.

Через десять лет самодержавие запретило казахам кочевать вблизи Яика и строящихся крепостей и форпостов. Эти меры способствовали обострению межнациональных отношений кочевых народов региона с яицким казачеством. Выражением протеста антинародной политики царизма «разделяй и властвуй» являлось нарушение декретов правительства. Казахи хотели уничтожить казачьи хутора и поселения в бассейне Яика. Поэтому в первой половине 1721 года астраханский губернатор ходатайствовал перед военной коллегией о необходимости «держать в городе Гурьеве, что на устье Яика и где лучшие рыбные промыслы, не менее батальона, так как каждый год нападают киргизы (казахи) и берут на промыслах людей, а иногда и разоряют и самые промыслы, которые ими неоднократно были сожжены, оборонять же их было невозможно». Согласно Указу Военной коллегии в Гурьев был определен батальон Пензенского полка с личным составом в 755 человек для несения гарнизонной службы.

24 января 1734 года начальство Яицкого войска обратилось в Военную коллегию с жалобой на то, что «калмыки кочевали по Яику, ловят рыбу самоловами, тако ж башкирцы, приехав на Яик-реку, наловили рыбы многое число. И посланы для воспрещения им в той ловле как калмыки, так башкиры били смертным боем».

Составной частью внешне политических акций самодержавия в Приуралье являлось строительство новой укрепленной линии в продолжение Оренбургской, которая должна была начаться от крепости Рассыпной до города Гурьева и получила название Нижнеяицкой.