Но ничто не вечно под луной. Постепенно «золотой век» американо-пакистанской дружбы, обусловленной событиями вокруг Афганистана, начал подходить к концу. Во второй половине 1980-х гг. на международной арене стали происходить значительные перемены. В СССР началась перестройка: запахло новой «оттепелью». К концу 1980-х гг. советское руководство стало склоняться к решению вывести свой воинский контингент с территории Афганистана. Это играло не в пользу Исламабада: заинтересованность США в Пакистане снижалась, росли претензии по другим вопросам двусторонних отношений. Однако вплоть до принятия и начала реального осуществления Москвой решения о выводе войск из Афганистана, Вашингтон по-прежнему продолжал поддерживать Исламабад169.

Важным фактором, ослаблявшим позиции Исламабада в Вашингтоне в конце 1980-х гг. был подъем политического ислама в Пакистане и сопредельном региональном пространстве. Еще в 1970-е гг. в исламском мире все большую популярность стал набирать политический ислам170. Пакистан, в котором исламская религия имела большое значение, сильно затрагивали процессы, происходившие вокруг ислама171.

Вашингтон активно использовал подъем политического ислама в его наиболее радикальной интерпретации для борьбы с советским присутствием в Афганистане. США, Саудовская Аравия и ряд других стран активно раздували религиозный пыл афганских моджахедов, одновременно с этим обильно финансируя и снабжая их оружием. Внутри страны Зия-уль-Хак использовал подъем политического ислама для укрепления своей власти и проводил политику т.н. «исламизации»172.

Подобный курс был приемлем для США и Запада в конце 1970-х гг., первой половине и середине 1980-х гг., но, постепенно, ближе к концу десятилетия, по мере того как накал и целесообразность борьбы с СССР в Афганистане спадала, отношение Вашингтона к моджахедам менялось. Оказалось, что не только США использовали религиозный пыл моджахедов для борьбы с СССР, но и идеологи религиозного фундаментализма также использовали США и помощь Запада для укрепления своих позиций в Пакистане, Афганистане и исламском мире в целом173. Постепенно выяснялось, что исламский фундаментализм далеко не лоялен Вашингтону и проводимой им политике. Поэтому, в конце 1980-х гг., когда последний конфликт «Холодной войны» уже потерял свое принципиальное значение и начал затухать, в Вашингтоне озаботились тем, чтобы на смену красному флагу коммунизма не пришло неконтролируемое из Вашингтона зеленое знамя политического ислама в его наиболее радикальных трактовках. Здесь пути Вашингтона и Исламабада расходились.

Примерно в это же время, во второй половине 1980-х гг., в Пакистане обозначилась тенденция к демократизации общественной жизни, с тенденцией усиления к концу десятилетия. 30 декабря 1985 г. Зия-уль-Хак отменил военное положение. Было восстановлено действие Конституции Пакистана 1973 г., правда, с поправками, которые увеличили власть президента, предоставив ему право распускать правительство и законодательные органы страны и провинций. Деятельность партий в соответствии с новым Законом о партиях, разрешалась при условии выполнения официальных предписаний174. Тем не менее, этот шаг ознаменовал усиление демократических тенденций в Пакистане и начало их противоборства с военно-авторитарной внутренней политикой Зия-уль-Хака, большое место в которой отводилась знакам внимания по отношению к консервативным религиозно-фундаменталистским силам как внутри, так и за пределами страны. В конце 1980-х гг. тенденция к демократизации больше отвечала интересам США как в идеологическом, так и в геополитическом плане.