Вивье, мальтийский генерал, вернулся из Мессины в конце июля и 4 августа ушел с Мальты с 4 галерами. На Занте он узнал, что капудан-паша ушел в Александрию с флотом из 35 галер и еще 15 кораблей были оставлены для защиты Архипелага. Он пошел с Занте на Цериго, а оттуда к Пассаве, турецкой крепости на восточной стороне мыса Матапан. Высадившись там в ночь на 17 августа, он овладел крепостью и сжег ее, после чего вернулся на Мальту 30 августа.

В это время появились первые признаки изменения условий войны на море, как ее понимали в Средиземноморье. Веками или даже тысячелетиями галера оставалась стандартным типом боевого корабля, и, несмотря на длительное существование, она, по сути, не изменилась. С другой стороны, пока военное кораблестроение и военно-морская тактика у народов Средиземноморья остановились в развитии, на севере и западе появился совершенно новый тип военного корабля. Корабль с прямым парусным вооружением и орудиями, установленными вдоль бортов, достиг такой ступени развития, что только с ним считались за пределами Гибралтарского пролива. Обычно утверждают, что «пираты» Алжира и Туниса были первыми средиземноморскими морскими силами, оценившими по достоинству такие корабли, знания о которых приобрели от английских и голландских перебежчиков. В какой-то степени это соответствует действительности, но приезд Варда в Тунис, а Данзера в Алжир имел место после, а не до появления парусников, по крайней мере в двух христианских флотах Средиземноморья. Мальтийские рыцари приобрели большой корабль «Сигно» («Лебедь») в конце 1601 года, а великий герцог Тосканский в 1602 году отправил два «бертони» с прямым парусным вооружением с 40 орудиями на каждом, построенные для него в Портоферрайо, на Эльбе.

Эти два корабля сопровождали две его новые бастард-галеры – очень большие галеры – и четыре обычные галеры рыцарей Святого Стефана в рейсе в Левант, который начался в конце марта. Были захвачены четыре турецкие галеры у Самоса, и флот вернулся в Мессину, где новый командир, Ингирами, ждал, чтобы присоединиться к испанцам. Те, однако, были заняты где-то еще, и Ингирами решил вернуться домой. Тем самым ему удалось избежать блокады Мессины – папской эскадре повезло меньше – турецким флотом из 70 галер, который в августе и сентябре разорил окрестное побережье. До этого мальтийские галеры сумели организовать успешную вылазку на Маометту (Хаммамет) – город, расположенный к юго-востоку от Туниса.

Что касается испанцев, они готовились к очередному нападению на Алжир, собирая флот с Сицилии, из Неаполя, Генуи и портов приписки в Кадисе под командованием Хуана де Кардоны, бывшего командира эскадры в Лепанто, которому было уже больше восьмидесяти лет. На этот раз они не продвинулись дальше Майорки. Разведчики, посланные оттуда к африканскому побережью, вернулись с сообщением, что турки настороже, а полагаться на поддержку местного населения едва ли имеет смысл. Экспедиция не вышла из Кадиса до сентября и довольно долго следовала вдоль берегов Испании. Теперь уже наступил конец октября, и делать было нечего – оставалось только вернуться в Картахену и распустить флот по своим портам.

Кардона ушел в отставку, и в 1603 году его сменил сын герцога Медина-Сидония граф де Нибла, назначенный на высокий пост, несмотря на отсутствие опыта. Старость уступила дорогу молодости, но результаты не изменились. Флот из 38 галер в августе ушел из Картахены в Майорку и вернулся в сентябре, ничего не достигнув. Впрочем, не делалось даже попыток чего-то достичь.

Самым значительным событием года стало взятие мальтийскими рыцарями двух крепостей, Патры и Лепанто, расположенных на противоположных берегах Коринфского залива. Экспедиция не добилась своей первичной цели – получить добычу в виде зерна, чтобы ликвидировать его нехватку на Мальте, однако нанесла серьезный удар противнику. Флот состоял из 4 галер, 4 фрегатов, тартаны и как минимум 5 кораблей с прямым парусным вооружением, а также 3 галеотов и взятых в наем торговых судов. Парусники ушли с Мальты за двое суток до галер и присоединились к ним у островов Курцолари, что к северу от Лепанто, в середине апреля. Оттуда две эскадры атаковали позиции одновременно, и обе атаки были успешными. Через четыре дня рейдеры ушли с 76 захваченными орудиями и почти 400 пленных. Немного позже галеры снова имели успех, отрезав два из пяти судов под пушками Модона. Эти суда были загружены остро необходимым зерном. Еще один рейд на Монастир в Тунисе не был успешным.