Последние два года столетия стали свидетелями целого ряда церемониальных плаваний, вызванных разными королевскими бракосочетаниями. Правда, в 1599 году имела место тосканская атака на Хиос, а в 1600 году – попытка совместной атаки на город Триполи. В первой из них, более серьезной, чем другие, Кальфатти, ранее уже захвативший африканскую галеру в домашних водах, прибыл к крепости Хиос 5 мая. В ту ночь войска высадились с пяти галер. Турецкий гарнизон открыл сильный огонь, и галеры были вынуждены уйти. Высадившийся отряд лишился поддержки и по большей части был убит или взят в плен. Нападающие, правда, получили некоторую компенсацию, захватив две турецкие галеры в бухте. Атака на Триполи в 1600 году завершилась ничем. Объединенный флот из 8 неаполитанских, 4 сицилийских и 5 мальтийских галер ушел с Мальты в конце июля, но обнаружил, что противник готов к нападению, и вернулся, даже не попытавшись атаковать с моря или суши.

Остальные морские путешествия 1599 года были связаны с доставкой эрцгерцогини Маргариты Австрийской из Генуи в Винарос, что недалеко от устья Эбро, для свадьбы с Филиппом III Испанским, и перевозкой его сестры, Изабеллы Клары, и ее супруга, эрцгерцога Альберта, из Валенсии в Геную. Эти путешествия имели место в начале весны и лета, и в них участвовал флот из 40 или более испанских, неаполитанских и сицилийских галер под командованием Дориа. Третий рейс состоялся осенью 1600 года, когда папские, тосканские и мальтийские галеры отвезли Марию де Медичи, невесту короля Франции Генриха IV, из Ливорно в Марсель. Вопрос главенства, который всегда вызывал проблемы в подобных объединенных флотах – особенно если участвовали мальтийские рыцари, – в этом случае стал еще острее, чем обычно. Дошло до того, что тосканцы и мальтийцы едва не вступили в бой в марсельском порту, а орудия фортификационных сооружений Ливорно действительно открыли огонь по мальтийским галерам, уходившим домой.

В мае 1601 года флот из 16 галер (10 неаполитанских, 1 сицилийская и 5 мальтийских) вышел с Мальты в Левант под командованием неаполитанского генерала Педро де Толедо. Их целью был перехват каравана из Александрии в Константинополь, и, имея это в виду, они заняли позицию у побережья Малой Азии, к северу от Кипра. К сожалению, они вышли в море, чтобы защитить приз, который отправляли на Мальту, как раз когда появились разведчики турок. Таким образом, противник был предупрежден об их присутствии и сумел уйти. Попытка внезапно захватить две турецкие галеры в районе Бассо тоже оказалась безуспешной.

Дориа постигла последняя неудача. В Мессине собрался самый крупный флот, который здесь видели в последние годы. Пусть он был недостаточно силен, чтобы идти в Константинополь, но он определенно мог добиться хотя бы чего-нибудь. Здесь было 5 мальтийских галер, 5 – папских, 5 – тосканских, 3 – савойских, 10 – неаполитанских, 10 – сицилийских и более 30 пришли из Испании и Генуи. Возможно, нежелание делать что-либо, отчего могут выиграть венецианцы, была причиной, по которой этот флот держался в удалении от Леванта. С другой стороны, не исключено, что Дориа просто не желал рисковать. Ведь можно было встретить турецкий флот! В общем, какова бы ни была причина, было принято решение напасть на Алжир, где можно было рассчитывать на местную поддержку. Желая убедиться, что турки останутся на расстоянии, Дориа послал мальтийскую галеру для демонстрации в греческих водах, а сам повел остальной флот на Майорку, а оттуда – в Алжир.

Подойдя к порту в ночь с 23 на 24 августа, Дориа послал тосканские галеры вперед, чтобы установить связь с возможными сторонниками на берегу. На сигналы не было получено никакого ответа. Туманное утро отсрочило высадку – если она вообще планировалась. Волнение моря усилилось, и Дориа весьма оперативно вернулся на Майорку. Оттуда он разослал разные контингенты в соответствующие порты. Немного позднее он склонился перед вызванной его действиями бурей гнева и удивления и попросил об отставке. В 1606 году он умер.