Возможно, через Пеньковского гнали дезу с целью скрыть от американцев подготовку к операции «Анадырь» по переброске на Кубу советских баллистических ракет. Предыстория этой операции такова. В 1961 году США начали размещение в Италии и Турции ракет средней дальности «Юпитер», имевших подлётное время до Москвы порядка 8 минут. В качестве ответной меры 24 мая 1962 года на расширенном заседании Президиума ЦК КПСС было принято решение о размещении советских ракет средней дальности с ядерными боеголовками на территории Республики Куба.

14 октября 1962 года американский самолет-разведчик U‑2 совершил облёт Кубы и сделал первые снимки советских позиций баллистических ракет Р‑12. Анализ переданных в ЦРУ снимков показал, что схема расположения пусковых площадок и систем обслуживания совпадает со схемой размещения площадок ракет средней дальности в Советском Союзе. Идентифицировать ракеты помог полковник советской военной разведки Пеньковский, работавший на МИ‑6 и ЦРУ. Ранее, в 1961 году, он передал американцам совершенно секретный справочник с фотографиями основных советских ракет и подробные сведения об этапах строительства их стартовых позиций. Мир оказался на грани ядерной войны. 22 октября 1962 года президент Кеннеди объявил о приведении американских вооружённых сил в полную боевую готовность и начале блокады Кубы. В тот же день Пеньковский был арестован по дороге на работу и сразу доставлен в здание КГБ на Лубянке.

К этому времени Носенко перешёл в 7‑й отдел (контрразведка на канале кратковременного пребывания иностранцев в СССР) Второго главка КГБ при СМ СССР и с июля 1962 года являлся заместителем начальника этого отдела. Именно он лично курировал проживавшего с октября 1959 по июнь 1962 года в СССР Ли Харви Освальда, который 22 ноября 1963 года стрелял в 35‑го президента США Джона Кеннеди.

Скорее всего, став перебежчиком, Носенко выполнял личное задание Хрущёва и всего «украинского клана», призванное убедить американцев в том, что Освальд не проходил в СССР никакой специальной подготовки и Москва не причастна к убийству Кеннеди.

Дело в том, что, хотя Карибский кризис и был успешно разрешён к началу 1963 года – СССР вернул ракеты с Кубы, а США убрали ракеты из Турции и отказались от планов вторжения на Кубу, тем не менее в результате предательства Пеньковского, который передал на Запад в общей сложности 111 плёнок «Минокс» с заснятыми на них 5500 секретными документами общим объёмом в 7650 страниц, выяснилось, что Советский Союз значительно уступал Соединённым Штатам по своему ракетно-ядерному потенциалу как в количественном, так и в качественном отношении. Например, на начало 1962 года американцы имели на вооружении более шести тысяч ядерных боеголовок, тогда как у Советского Союза их было только 405 (в пятнадцать раз меньше). Именно поэтому убийство президента Кеннеди 22 ноября 1963 года, спланированное наиболее агрессивными кругами США во главе с ЦРУ, и особенно подстава Освальда как доказательство «советского следа» в нём, было призвано спровоцировать объявление войны и обмен ядерными ударами, при котором США на тот момент имели все шансы победить.

По официальной версии, озвученной комиссией Уоррена, единственным подозреваемым в убийстве Джона Фитцджеральда Кеннеди (ДФК) являлся киллер-одиночка Ли Харви Освальд. И это при том, что он стрелял с шестого этажа по уходящей мишени из неудобной позиции под крутым углом. За 4,8 секунды из винтовки с ручной перезарядкой (итальянская пехотная винтовка 1940 года) он выпустил три пули по числу найденных гильз и попал точно в голову. При этом Освальд никогда хорошим стрелком не считался и необходимые навыки снайпера у него отсутствовали. Тем не менее примерно в час ночи 23 ноября ему было предъявлено обвинение в убийстве президента Кеннеди. 24 ноября, когда его переводили из Департамента полиции в окружную тюрьму Далласа, в 11.21 он был смертельно ранен выстрелом в живот владельцем ночного клуба Далласа Джеком Руби, который также впоследствии умер в тюрьме.