Однако внутриполитические события в СССР развивались не так гладко, если не сказать обратное. Хрущёв рвал и метал. 2 февраля 1963 года генерал армии Серов был снят с должности начальника ГРУ в связи с «потерей бдительности». Эту должность 14 марта 1963 года занял руководитель следственной группы по делу Пеньковского, первый заместитель председателя КГБ при СМ СССР генерал-полковник Пётр Иванович Ивашутин. По его словам, «Серова сняли не только из-за разоблачения агента английской разведки Пеньковского. За Серовым были и другие “прошлые дела”, которые могли подорвать авторитет Хрущёва. Он занимался переселением народов, ведал тюрьмами, оперативной работы не знал и не занимался ею. На должность начальника ГРУ его назначил Хрущёв. Никита Сергеевич доверял Серову. Все указания Хрущёва Серов безоговорочно выполнял. Провал с Пеньковским был ударом не только по Главному разведывательному управлению, но и по престижу Хрущёва. Поэтому он и отправил Серова подальше от Москвы в Туркестанский военный округ». 7 марта 1963 года Серов был разжалован в генерал-майоры, а 12 марта лишён звания Героя Советского Союза. В апреле 1965 года он был исключён из партии за «нарушения социалистической законности и использование служебного положения в личных целях» и отправлен в отставку.

Но Хрущёв не был бы Хрущёвым, если бы не затаил личной мести на главного своего обидчика – контрразведчика Грибанова, благодаря которому и слетел Серов, последняя опора «кукурузника». Тем более что Грибанов не имел отношения к «украинской мафии», а был выходцем с Урала, из Пермской губернии. И вскоре возможность поквитаться с ним представилась.

В первые дни февраля 1964 года в резидентуре Первого главного управления (внешняя разведка) КГБ при СМ СССР в Женеве царила атмосфера тревоги и растерянности, а резидент не отходил от аппаратов шифросвязи с Центром. И на то были причины. Офицер безопасности сообщил, что вечером 4 февраля бесследно исчез эксперт советской делегации на конференции Комитета 18‑ти государств по разоружению Организации Объединённых Наций 37‑летний Юрий Иванович Носенко. Ситуацию усугубляло то обстоятельство, что советский дипломат одновременно был сотрудником Второго главного управления (контрразведка) КГБ при СМ СССР и должен был обеспечивать безопасность намеченного на ближайшее время нелегального визита в Женеву своего начальника, генерал-лейтенанта Олега Михайловича Грибанова.

Но сообщения зарубежной прессы 10 февраля повергли сотрудников резидентуры в шок: из этих сообщений следовало, что Носенко обратился к американским властям с просьбой о предоставлении ему политического убежища в США…

Это был скандал! Ведь перебежчиком стал сын Ивана Исидоровича Носенко, сталинского наркома (министра) судостроительной промышленности СССР с 1939 по 1956 год, урна с прахом которого покоится в Кремлёвской стене.

Юрий Носенко родился 30 октября 1927 года в городе Николаеве на Украине. В 1950 году он окончил МГИМО, где специализировался по США, и в 1953 году по протекции отца начал работать в системе госбезопасности. С января 1960 по декабрь 1961 года майор Носенко был заместителем начальника 1‑го (американского) отдела Второго главка (контрразведка) КГБ при СМ СССР. Именно этот элитный отдел (ещё одним заместителем начальника отдела был полковник Матвеев Михаил Георгиевич) занимался разработкой Пеньковского, который впервые попал в поле зрения советских контрразведчиков в декабре 1961 года. Тогда оперативная группа Второго главка и 7‑го Управления (наружное наблюдение) КГБ при СМ СССР зафиксировала его совместное нахождение в подъезде дома № 11 по Малому Сухаревскому переулку с Анной Чизхолм, женой 2‑го секретаря посольства Великобритании в Москве Родрика Чизхолма, который, по сведениям, полученным от советского разведчика и сотрудника МИ‑6 Джорджа Блейка, был резидентом английской разведки в Москве. За Пеньковским было установлено круглосуточное наружное наблюдение дома и на работе. Тем не менее его не брали с поличным в течение почти десяти месяцев, и именно это обстоятельство до сих пор является наиболее дискуссионным в деле Пеньковского. Ведь всё это время с помощью тайников и личных встреч он передавал на Запад секретные материалы, которые копировал дома, принося их из Главного разведывательного управления (ГРУ) Генштаба и Главного ракетно-артиллерийского управления (ГРАУ) Министерства обороны СССР.