В апреле 1942 года Кук вошёл в Центральный провод ОУН(б) и Повстанческий штаб, где занимался в основном вопросами разведки. Кук считался специалистом по организации и проведению взрывов и применению ручных гранат. Он был автором брошюры-пособия «Обучение гранатному бою», широко использовавшемуся боевиками УПА.

13 апреля 1943 года Роман Шухевич сместил Миколу Лебедя и занял пост руководителя ОУН(б). Шухевич также снял с поста краевого проводника ОУН(б) на Западно-Украинских землях (ЗУЗ) в Галиции Михила Степаняка, сторонника Лебедя, и назначил вместо него Василя Охримовича (клички «Филипп», «Грузин», «Кузьма»). В конце июня 1943 года Шухевич переподчинил себе все вооружённые отряды украинских националистов и 27 января 1944 года стал Главным командиром (главнокомандующим) УПА. В 1948 году его заместителем и в ОУН, и в УПА был назначен Василь Кук.

Когда 5 марта 1950 года Шухевич, имевший в МГБ розыскную кличку «Волк», был ликвидирован в результате спецоперации, проведённой под руководством генерал-лейтенанта Павла Анатольевича Судоплатова, на экстренном совещании членов Центрального провода ОУН(б) руководителем ОУН(б), председателем генерального секретариата Украинской главной освободительной рады (УГВР) и Главным командиром УПА был утверждён полковник Василь Кук. Позднее ему было присвоено звание генерал-хорунжего. Таким образом, Кук стал одним из девяти генералов за всю историю ОУН – УПА.

«Имея в лице КУКА опасного врага нашего государства и опытного подпольщика, – говорится в цитировавшейся выше Справке КГБ Украины, – с целью его розыска и захвата были приняты в первую очередь меры к тому, чтобы установить места его укрытия, выявить бандгруппы, на которые он базируется и каналы его связи с закордоном».

В 1950 году удалось установить, что Кук использует для своего укрытия районы, расположенные на стыке Львовской, Тернопольской и Станиславской (ныне Ивано-Франковской) областей, и базируется на бандгруппы т. н. Подольского и Рогатинского окружных проводов ОУН(б). При помощи специальных линий связи Кук поддерживал контакты с членами Центрального провода (ЦП) ОУН(б) в Станиславской области и Василем Галасой (кличка «Орлан»), краевым проводником ОУН(б) Северо-Западных Украинских земель (ПЗУЗ), исполняющим обязанности командира УПА-Север на территории Ровенской и Волынской областей.

Находившийся с 1946 года в эмиграции в Западной Германии член заграничного представительства УГВР и начальник разведки заграничных частей ОУН (ЗЧ ОУН) Василь Охримович был выброшен 19 мая 1951 года в Дрогобычской области с заданием по линии ЦРУ и МИ‑6 установить связь с Куком с целью совместных действий по координации оуновского подполья. Охримович встретился с Куком, но 6 октября 1952 года был арестован органами МГБ вблизи села Войнилов Станиславской области и перевезён в Киев.

Реализуя показания Охримовича, возле посёлка Олеско Золочевского района Львовской области и в Збаражском районе Тернопольской области были вскрыты три бункера Кука и ликвидировано семь бандитов из его личной охраны, с которыми Охримович и Кук укрывались зимой и весной 1952 года. Охримович также показал, что в связи с этой и другими потерями для зимовки 1952–1953 годов Кук мог использовать только бандгруппу «Байды», действовавшую в Козовском и Бережанском районах Тернопольской области, и бандгруппу «Дуба» в Пеняцких лесах Олесского района Львовской области.

В декабре 1952 года в Козовском районе оперативно-войсковой группой были убиты бандиты «Зенко» и «Орач», которые, как выяснилось, до дня своей ликвидации укрывались в одном бункере с Куком и «Байдой».