С июля 1944 года Никитченко находился на партийной работе: сначала он становится заместителем секретаря Харьковского обкома КП(б) Украины по транспорту, с декабря 1948 года – заведующим транспортным отделом ЦК КП(б) Украины, а с июня 1953 года по апрель 1954 года – заведующим отделом административных и торгово-финансовых органов ЦК КП Украины, получив звание полковника. (Отдел административных органов осуществлял руководство и контроль за деятельностью военных ведомств, органов МГБ – КГБ, МВД, госконтроля, юстиции, здравоохранения и социального обеспечения, руководство военными политорганами и партийными организациями поднадзорных ведомств, курирование и утверждение кадровых перемещений, входивших в учётно-контрольную номенклатуру ЦК.)

6 апреля 1954 года Виталий Федотович Никитченко был назначен председателем КГБ при СМ Украинской ССР. И сразу же оглушительный успех – 24 мая 1954 года в результате филигранно проведённой чекистской операции «Западня» был арестован Главный командир УПА генерал-хорунжий Василь Кук, который в материалах розыска проходил под кличкой «Барсук».

В архивном документе 1954 года под названием «Справка о проведённых мероприятиях чекистскими органами Украины по розыску и захвату КУКА Василия», имеющем гриф «совершенно секретно», говорится, что «КУК Василий Степанович, 1913 года рождения, уроженец местечка Красне, Львовской области, с незаконченным высшим юридическим образованием, в подполье известен под кличками “ЛЕМИШ”, “ЮРКО”, “МЕДВЕДЬ”, в период учебы в Золочевской гимназии в 1929 году вступил в организацию украинских националистов и с тех пор всё время занимался националистической деятельностью». Таким образом, Кук был членом ОУН с момента её создания в 1929 году. В последующие годы учёбы в Люблинском католическом университете (1932–1933) он близко познакомился и стал соратником Степана Бандеры и Ярослава Стецко.

В 1934–1939 годах Кук руководил связью оуновцев Галиции и Волыни, в 1938 году написал и издал в основанной им подпольной типографии «катехизис конспиратора» – книгу об основах подпольной работы под названием «Пахотные свёклы». После включения Западной Украины в состав УССР Кук бежал в Краков, откуда вместе с Бандерой, Шухевичем, Лебедем, Стецко, Ленкавским и другими националистами возглавил подрывную деятельность ОУН(б) против СССР. Он принимал участие в работе Военного штаба ОУН(б), прошёл командирскую («старшинскую») подготовку в Кракове и сам преподавал основы партизанской борьбы на военных курсах для членов ОУН(б), созданных немецкими спецслужбами.

Кук ввёл сложную систему условных знаков и проверок, добавив к немецкой школе разведки собственные приёмы. Как отмечалось в ориентировке военной контрразведки НКГБ в мае 1941 года, «оуновцы-нелегалы представляют собой хорошо обученные относительно нелегальной техники, закалённые и весьма агрессивные кадры».

После того, как в июле 1941 года Бандера был арестован гестапо и депортирован в Берлин, руководителем ОУН(б) на «Украинских землях» стал Микола Лебедь, основатель и первый шеф Службы Безопасности (СБ) ОУН(б). Отношения с Куком у них не сложились, и Кук был направлен на восток Украины, где возглавил Южный краевой провод ОУН(б) с центром в Днепропетровске, а после ареста и убийства агентами гестапо 25 июля 1942 года идеолога украинского национализма Дмитрия Мирона, автора книги «Идея и дело Украины» – также и Киевский краевой провод ОУН(б).

В Днепропетровске Кук женился на Ульяне Крюченко, которая училась в технологическом институте. Позже на допросах она признавалась: «Даже я, как жена, не знаю ни о его детстве, ни о юности. Конспиратором “Лемиш” был большим. Я, как жена, никогда не знала, какой пост он занимал в организации, не говоря уже о другом».